More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4208 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  100 
 
 		 894 aa  1798    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.96 
 
 		 913 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  32.4 
 
 		 900 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.48 
 
 		 922 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.54 
 
 		 921 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.54 
 
 		 921 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.42 
 
 		 921 aa  313  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.51 
 
 		 914 aa  305  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 921 aa  304  5.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.87 
 
 		 901 aa  286  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 904 aa  260  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  28.67 
 
 		 913 aa  250  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  28.07 
 
 		 907 aa  247  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 914 aa  246  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  27.22 
 
 		 947 aa  243  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.57 
 
 		 1021 aa  240  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.31 
 
 		 947 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  28.86 
 
 		 896 aa  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.54 
 
 		 924 aa  231  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.08 
 
 		 905 aa  229  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.79 
 
 		 876 aa  229  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  27.54 
 
 		 904 aa  229  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  25.4 
 
 		 907 aa  226  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.58 
 
 		 930 aa  225  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.61 
 
 		 880 aa  222  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  27.83 
 
 		 913 aa  222  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 907 aa  221  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  28.05 
 
 		 944 aa  220  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  28.24 
 
 		 960 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.01 
 
 		 928 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.34 
 
 		 867 aa  213  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.73 
 
 		 933 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.39 
 
 		 910 aa  213  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.02 
 
 		 896 aa  211  4e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  27.44 
 
 		 1336 aa  211  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.65 
 
 		 930 aa  210  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.73 
 
 		 897 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.84 
 
 		 955 aa  204  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.13 
 
 		 925 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.84 
 
 		 1003 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  27.8 
 
 		 887 aa  201  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  26.86 
 
 		 924 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2176  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 888 aa  197  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.250716 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  28.37 
 
 		 824 aa  197  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  25.68 
 
 		 900 aa  194  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  27.01 
 
 		 906 aa  194  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 906 aa  193  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  35.32 
 
 		 897 aa  193  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  28.17 
 
 		 902 aa  192  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 		 901 aa  188  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  27.45 
 
 		 1110 aa  188  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  25.93 
 
 		 878 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.83 
 
 		 877 aa  187  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  27.33 
 
 		 902 aa  186  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  25.75 
 
 		 921 aa  184  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  26.48 
 
 		 899 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.19 
 
 		 914 aa  181  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.91 
 
 		 900 aa  179  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.67 
 
 		 901 aa  178  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  31.49 
 
 		 917 aa  177  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  30.25 
 
 		 914 aa  177  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.14 
 
 		 932 aa  177  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.52 
 
 		 889 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  28.14 
 
 		 921 aa  175  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.93 
 
 		 870 aa  174  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  26.9 
 
 		 902 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  26.9 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  26.9 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  26.9 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  26.68 
 
 		 901 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.99 
 
 		 1019 aa  169  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  27.27 
 
 		 901 aa  169  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  27.91 
 
 		 916 aa  169  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  28.9 
 
 		 910 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  27.06 
 
 		 901 aa  166  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.07 
 
 		 860 aa  165  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.84 
 
 		 901 aa  163  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  26.84 
 
 		 901 aa  163  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  26.84 
 
 		 901 aa  163  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  26.84 
 
 		 901 aa  163  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  26.84 
 
 		 901 aa  163  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  26.84 
 
 		 901 aa  161  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  26.84 
 
 		 901 aa  161  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  28.91 
 
 		 920 aa  161  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  24.21 
 
 		 914 aa  160  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.69 
 
 		 905 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  26.47 
 
 		 901 aa  157  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  31.3 
 
 		 919 aa  157  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.98 
 
 		 903 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.98 
 
 		 903 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  28.06 
 
 		 905 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 905 aa  156  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.13 
 
 		 911 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.42 
 
 		 905 aa  154  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.22 
 
 		 766 aa  152  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.45 
 
 		 758 aa  152  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  25.85 
 
 		 904 aa  151  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  32.61 
 
 		 911 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1436  GerE family regulatory protein  28.08 
 
 		 921 aa  142  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3097  LuxR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 898 aa  142  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0989415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>