More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2246 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 921 aa  653    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  100 
 
 		 914 aa  1819    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  52.1 
 
 		 901 aa  819    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  43.41 
 
 		 1110 aa  547  1e-154  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.48 
 
 		 913 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  32.64 
 
 		 900 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.23 
 
 		 922 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.69 
 
 		 910 aa  318  2e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.47 
 
 		 867 aa  317  9e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.02 
 
 		 876 aa  307  6e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 947 aa  303  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.65 
 
 		 921 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.65 
 
 		 921 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.65 
 
 		 921 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  30.47 
 
 		 947 aa  300  8e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.51 
 
 		 894 aa  292  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.85 
 
 		 947 aa  292  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  29.85 
 
 		 960 aa  290  9e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.2 
 
 		 1021 aa  278  5e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 930 aa  277  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.26 
 
 		 924 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  28.21 
 
 		 896 aa  269  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.1 
 
 		 880 aa  265  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  30.21 
 
 		 919 aa  262  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.64 
 
 		 870 aa  262  3e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  28.03 
 
 		 913 aa  260  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  29.08 
 
 		 905 aa  253  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  29.93 
 
 		 824 aa  252  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  27.8 
 
 		 913 aa  252  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  39.96 
 
 		 897 aa  250  7e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 914 aa  248  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 		 925 aa  248  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  30.92 
 
 		 878 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  27.54 
 
 		 921 aa  243  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.88 
 
 		 896 aa  243  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.86 
 
 		 889 aa  241  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  27.23 
 
 		 903 aa  239  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.21 
 
 		 877 aa  239  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  27.23 
 
 		 903 aa  239  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.04 
 
 		 1003 aa  238  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  27.07 
 
 		 904 aa  238  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.11 
 
 		 930 aa  235  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  33.81 
 
 		 907 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  31.9 
 
 		 887 aa  231  4e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 907 aa  229  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  27.87 
 
 		 899 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  38.37 
 
 		 917 aa  229  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 904 aa  228  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.08 
 
 		 932 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  32.85 
 
 		 900 aa  221  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 904 aa  218  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  218  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 902 aa  217  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  217  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  217  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  217  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 906 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  34.23 
 
 		 901 aa  214  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  27.18 
 
 		 914 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 906 aa  213  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 910 aa  212  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  36.05 
 
 		 920 aa  211  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.34 
 
 		 905 aa  211  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  31.26 
 
 		 907 aa  210  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  36.82 
 
 		 905 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 905 aa  208  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  27.93 
 
 		 1336 aa  208  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.28 
 
 		 928 aa  206  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  26.28 
 
 		 914 aa  205  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.61 
 
 		 911 aa  204  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  203  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  203  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  35.35 
 
 		 901 aa  203  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  35.35 
 
 		 901 aa  203  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.98 
 
 		 905 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  35.12 
 
 		 901 aa  200  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  35.12 
 
 		 901 aa  200  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.42 
 
 		 766 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.78 
 
 		 955 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  30.84 
 
 		 916 aa  198  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.78 
 
 		 897 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  27.71 
 
 		 944 aa  197  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.35 
 
 		 900 aa  193  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  24.49 
 
 		 921 aa  191  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.6 
 
 		 1019 aa  187  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  26.32 
 
 		 901 aa  185  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 924 aa  185  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  28.74 
 
 		 902 aa  184  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.25 
 
 		 758 aa  183  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.55 
 
 		 901 aa  182  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  28.71 
 
 		 902 aa  181  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.81 
 
 		 935 aa  179  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  35.19 
 
 		 911 aa  178  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.36 
 
 		 907 aa  177  7e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.76 
 
 		 860 aa  171  8e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 901 aa  170  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.92 
 
 		 896 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  27.72 
 
 		 894 aa  167  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>