More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0502 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 861 aa  1697    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  25.81 
 
 		 899 aa  137  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  26.08 
 
 		 947 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  26.19 
 
 		 837 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  25.69 
 
 		 890 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.37 
 
 		 896 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.42 
 
 		 913 aa  129  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.07 
 
 		 924 aa  129  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.67 
 
 		 887 aa  123  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 921 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  24.69 
 
 		 894 aa  122  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  25.69 
 
 		 900 aa  119  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  26 
 
 		 913 aa  115  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  25.08 
 
 		 879 aa  113  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.09 
 
 		 901 aa  110  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  24.19 
 
 		 902 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  23.77 
 
 		 901 aa  107  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  23.77 
 
 		 901 aa  107  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  23.77 
 
 		 901 aa  107  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.48 
 
 		 901 aa  107  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  22.76 
 
 		 901 aa  107  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  24 
 
 		 901 aa  106  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.16 
 
 		 900 aa  105  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  23.97 
 
 		 904 aa  104  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.89 
 
 		 914 aa  103  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  24.09 
 
 		 878 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 947 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.12 
 
 		 897 aa  97.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0833  regulatory protein, LuxR  23.86 
 
 		 904 aa  96.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.02 
 
 		 955 aa  95.9  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 		 921 aa  95.5  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.07 
 
 		 894 aa  90.5  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  29.58 
 
 		 919 aa  87.4  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.03 
 
 		 889 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  22.67 
 
 		 901 aa  87.4  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  22.67 
 
 		 901 aa  87.4  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 		 907 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.35 
 
 		 930 aa  85.5  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.66 
 
 		 876 aa  85.1  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.42 
 
 		 914 aa  84.3  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  28.53 
 
 		 960 aa  84  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.88 
 
 		 928 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  23.11 
 
 		 907 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.36 
 
 		 925 aa  80.5  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.63 
 
 		 902 aa  80.9  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  23.99 
 
 		 902 aa  80.1  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.91 
 
 		 947 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  23.91 
 
 		 896 aa  79.7  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.23 
 
 		 766 aa  78.2  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3564  MalT  24.01 
 
 		 695 aa  77.8  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.6 
 
 		 910 aa  77.4  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.43 
 
 		 758 aa  77  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25 
 
 		 867 aa  76.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.54 
 
 		 870 aa  76.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.05 
 
 		 1021 aa  76.6  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 904 aa  75.5  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2176  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.16 
 
 		 888 aa  75.5  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.250716 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.97 
 
 		 922 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.81 
 
 		 897 aa  74.7  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  24.67 
 
 		 855 aa  74.7  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 206 aa  74.7  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  25.39 
 
 		 917 aa  74.7  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.41 
 
 		 905 aa  74.3  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.93 
 
 		 930 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  24.22 
 
 		 914 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.21 
 
 		 901 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  24.21 
 
 		 901 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  24.21 
 
 		 901 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  24.21 
 
 		 901 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  23.77 
 
 		 901 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  23.77 
 
 		 901 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  25.19 
 
 		 916 aa  72  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  26.59 
 
 		 904 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 914 aa  70.1  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 227 aa  70.1  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  54.1 
 
 		 911 aa  68.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3636  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.69 
 
 		 953 aa  68.6  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164203 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0429  regulatory protein, LuxR  21.96 
 
 		 884 aa  68.2  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  28.17 
 
 		 1110 aa  68.2  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  35.88 
 
 		 896 aa  67.8  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  31.2 
 
 		 921 aa  67.4  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5308  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.32 
 
 		 397 aa  67.4  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  29.33 
 
 		 913 aa  67  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  25.58 
 
 		 1336 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.94 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.54 
 
 		 217 aa  66.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  23.72 
 
 		 1108 aa  65.9  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 924 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 204 aa  65.1  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 901 aa  65.1  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3337  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.78 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0952095  normal  0.130531 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3710  LuxR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.6 
 
 		 884 aa  63.9  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  47.83 
 
 		 221 aa  63.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  26.89 
 
 		 906 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3768  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.97 
 
 		 223 aa  63.9  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.28303  normal  0.763501 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4051  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 225 aa  63.9  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00308286  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08490  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  35.45 
 
 		 236 aa  63.5  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199706  normal  0.526513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>