More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2523 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 879 aa  1758    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  25.52 
 
 		 899 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.35 
 
 		 896 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.47 
 
 		 901 aa  154  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.91 
 
 		 914 aa  137  7.000000000000001e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  23.38 
 
 		 890 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 930 aa  119  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.63 
 
 		 913 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 921 aa  114  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  25.67 
 
 		 878 aa  111  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.24 
 
 		 897 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.13 
 
 		 955 aa  108  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  29.2 
 
 		 888 aa  106  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.95 
 
 		 887 aa  105  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.31 
 
 		 1021 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  23.98 
 
 		 947 aa  101  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  25 
 
 		 904 aa  101  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  24.97 
 
 		 861 aa  97.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  23.83 
 
 		 894 aa  97.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.88 
 
 		 910 aa  96.7  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  29.08 
 
 		 732 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  27.7 
 
 		 900 aa  94.4  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.81 
 
 		 877 aa  93.6  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  22.52 
 
 		 901 aa  92.8  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.07 
 
 		 933 aa  92  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  23.48 
 
 		 904 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.33 
 
 		 930 aa  90.1  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  27.04 
 
 		 921 aa  89.4  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  23.76 
 
 		 903 aa  88.2  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.77 
 
 		 876 aa  88.2  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  23.76 
 
 		 903 aa  88.2  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.13 
 
 		 896 aa  87.8  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  25.65 
 
 		 1336 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 907 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  25.76 
 
 		 907 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  26.3 
 
 		 855 aa  86.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  27.72 
 
 		 717 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  25.36 
 
 		 924 aa  85.5  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  23.29 
 
 		 896 aa  85.5  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  25.96 
 
 		 913 aa  84.7  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.43 
 
 		 900 aa  84.3  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  24.18 
 
 		 907 aa  84.3  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.95 
 
 		 900 aa  84  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  22.63 
 
 		 901 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.14 
 
 		 935 aa  83.2  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  22.63 
 
 		 901 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  22.63 
 
 		 901 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  22.63 
 
 		 901 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  22.63 
 
 		 901 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  25.26 
 
 		 960 aa  82.4  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  22.63 
 
 		 901 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  27.98 
 
 		 919 aa  82.4  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.51 
 
 		 867 aa  81.6  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  21.8 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  27.56 
 
 		 1110 aa  81.3  0.00000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  21.75 
 
 		 902 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  21.75 
 
 		 901 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.1 
 
 		 905 aa  80.5  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  22.37 
 
 		 901 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.3 
 
 		 922 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  21.75 
 
 		 901 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  29.11 
 
 		 900 aa  79.7  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  21.75 
 
 		 901 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.6 
 
 		 925 aa  79.7  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  21.75 
 
 		 901 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  22.37 
 
 		 901 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 904 aa  78.6  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.09 
 
 		 870 aa  77  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.5 
 
 		 928 aa  77  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1706  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 827 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0833  regulatory protein, LuxR  22.69 
 
 		 904 aa  76.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2281  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.59 
 
 		 730 aa  75.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.19 
 
 		 932 aa  75.1  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5021  putative transcriptional regulator  25.69 
 
 		 855 aa  75.1  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00982675  normal  0.260255 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  23.89 
 
 		 1003 aa  75.1  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.03 
 
 		 914 aa  74.7  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  24.28 
 
 		 913 aa  74.7  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.1 
 
 		 860 aa  73.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3636  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.07 
 
 		 953 aa  73.9  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164203 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1348  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 917 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.554665  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2039  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 917 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.26 
 
 		 846 aa  73.6  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2330  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 917 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1063  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 917 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  22.92 
 
 		 921 aa  72.4  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 947 aa  72.4  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.3 
 
 		 921 aa  72  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.3 
 
 		 921 aa  72  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 914 aa  71.6  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.3 
 
 		 921 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3097  LuxR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 898 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0989415  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1436  GerE family regulatory protein  28.69 
 
 		 921 aa  71.2  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  25.3 
 
 		 914 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  22.9 
 
 		 902 aa  70.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 905 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  26.9 
 
 		 920 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  22.65 
 
 		 902 aa  69.3  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.4 
 
 		 889 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  27.59 
 
 		 1097 aa  68.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.91 
 
 		 766 aa  68.9  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>