More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5021 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5021  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 855 aa  1662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00982675  normal  0.260255 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.26 
 
 		 914 aa  344  4e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  31.26 
 
 		 900 aa  293  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.94 
 
 		 930 aa  173  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 921 aa  168  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  29.01 
 
 		 919 aa  165  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  27.46 
 
 		 1336 aa  161  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  26.8 
 
 		 960 aa  160  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.66 
 
 		 913 aa  158  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.93 
 
 		 928 aa  154  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.31 
 
 		 947 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.83 
 
 		 914 aa  148  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  26.87 
 
 		 900 aa  147  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.85 
 
 		 925 aa  142  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.19 
 
 		 922 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.34 
 
 		 901 aa  140  7.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.84 
 
 		 932 aa  139  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.37 
 
 		 905 aa  134  7.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  25.89 
 
 		 907 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.11 
 
 		 955 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.8 
 
 		 889 aa  129  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  26.52 
 
 		 924 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  26.6 
 
 		 944 aa  127  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.62 
 
 		 894 aa  126  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.95 
 
 		 897 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  26.48 
 
 		 904 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  24.68 
 
 		 901 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.97 
 
 		 901 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  26.68 
 
 		 901 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.81 
 
 		 902 aa  114  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.56 
 
 		 903 aa  114  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.56 
 
 		 903 aa  114  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  25.93 
 
 		 904 aa  114  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  24.95 
 
 		 921 aa  113  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  23.91 
 
 		 902 aa  113  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.07 
 
 		 921 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.07 
 
 		 921 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.86 
 
 		 921 aa  110  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  24.17 
 
 		 913 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  24.37 
 
 		 913 aa  105  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.82 
 
 		 896 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.91 
 
 		 766 aa  105  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.48 
 
 		 758 aa  104  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.29 
 
 		 1021 aa  104  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.12 
 
 		 910 aa  103  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 947 aa  102  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  23.31 
 
 		 896 aa  102  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  25.74 
 
 		 1110 aa  102  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  27.61 
 
 		 914 aa  102  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  26.12 
 
 		 896 aa  102  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  23.66 
 
 		 902 aa  101  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  23.66 
 
 		 901 aa  101  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  23.66 
 
 		 901 aa  101  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  23.66 
 
 		 901 aa  101  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  24.81 
 
 		 899 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  23.46 
 
 		 901 aa  101  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  23.19 
 
 		 901 aa  101  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.37 
 
 		 887 aa  100  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  23.98 
 
 		 901 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  23.98 
 
 		 901 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  23.98 
 
 		 901 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  23.94 
 
 		 921 aa  99.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.67 
 
 		 870 aa  100  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  23.98 
 
 		 901 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  25.08 
 
 		 947 aa  98.2  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.89 
 
 		 930 aa  98.6  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  23.98 
 
 		 901 aa  97.8  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  23.98 
 
 		 901 aa  97.4  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  23.78 
 
 		 901 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 904 aa  97.4  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  23.78 
 
 		 901 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.68 
 
 		 867 aa  96.3  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 914 aa  94.7  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.14 
 
 		 880 aa  93.6  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 		 876 aa  91.3  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.81 
 
 		 917 aa  90.1  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2176  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.36 
 
 		 888 aa  90.1  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.250716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  23.65 
 
 		 907 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.72 
 
 		 933 aa  89.7  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  23.5 
 
 		 907 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  29.35 
 
 		 855 aa  87.8  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  26.07 
 
 		 878 aa  87.4  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  30.68 
 
 		 900 aa  87.4  9e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2330  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 917 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2039  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 917 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1063  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 917 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1348  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 917 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.554665  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3097  LuxR family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 898 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0989415  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.09 
 
 		 846 aa  84.7  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  27.59 
 
 		 749 aa  84.7  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1436  GerE family regulatory protein  28.61 
 
 		 921 aa  84.3  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  28.8 
 
 		 1097 aa  84.3  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0162  ATP-dependent transcriptional regulator-like  27.27 
 
 		 756 aa  82.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.38 
 
 		 897 aa  82.4  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.1 
 
 		 877 aa  82  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.56 
 
 		 1019 aa  81.3  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.5 
 
 		 911 aa  81.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  25.45 
 
 		 910 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  31.4 
 
 		 911 aa  78.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  24.15 
 
 		 824 aa  78.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>