More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0429 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0429  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 884 aa  1821    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5436  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.97 
 
 		 891 aa  451  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0441  regulatory protein, LuxR  32.43 
 
 		 856 aa  443  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0611  regulatory protein, LuxR  32.8 
 
 		 878 aa  429  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000972895  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5389  regulatory protein, LuxR  35.71 
 
 		 267 aa  154  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.621968 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.86 
 
 		 900 aa  145  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.11 
 
 		 955 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24 
 
 		 897 aa  142  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  22.3 
 
 		 905 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.89 
 
 		 914 aa  113  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.93 
 
 		 889 aa  104  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.52 
 
 		 928 aa  103  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  24.15 
 
 		 902 aa  97.4  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.27 
 
 		 910 aa  96.3  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.66 
 
 		 924 aa  95.1  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.47 
 
 		 930 aa  94.7  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  23.29 
 
 		 906 aa  94.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  19.21 
 
 		 896 aa  93.6  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  22.86 
 
 		 947 aa  93.2  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  23.55 
 
 		 906 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  24.16 
 
 		 902 aa  92  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.45 
 
 		 922 aa  88.2  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  20.44 
 
 		 894 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.24 
 
 		 921 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.24 
 
 		 921 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  22.98 
 
 		 920 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.56 
 
 		 921 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.56 
 
 		 880 aa  85.9  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  21.18 
 
 		 896 aa  85.1  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  19.82 
 
 		 901 aa  84.7  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.8 
 
 		 911 aa  84.3  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5385  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.75 
 
 		 182 aa  84.7  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.983573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  23.11 
 
 		 910 aa  84.3  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  20.79 
 
 		 913 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  20.28 
 
 		 913 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.23 
 
 		 917 aa  82.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.94 
 
 		 887 aa  82.4  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.59 
 
 		 846 aa  82  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.91 
 
 		 1021 aa  81.6  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2039  LuxR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 917 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2330  LuxR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 917 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1063  LuxR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 917 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1348  LuxR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 917 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.554665  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  22.92 
 
 		 914 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  21.91 
 
 		 896 aa  79.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  23.1 
 
 		 749 aa  78.2  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1436  GerE family regulatory protein  22.26 
 
 		 921 aa  78.2  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  23.35 
 
 		 894 aa  77.8  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  25.62 
 
 		 900 aa  77.4  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.05 
 
 		 766 aa  77  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3097  LuxR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 898 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0989415  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2176  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.98 
 
 		 888 aa  75.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.250716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.97 
 
 		 905 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  20.06 
 
 		 921 aa  75.5  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  20.29 
 
 		 921 aa  75.1  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  22.44 
 
 		 904 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  23.09 
 
 		 903 aa  72  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  23.09 
 
 		 903 aa  72  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  21.28 
 
 		 919 aa  72  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  22.43 
 
 		 907 aa  70.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3564  MalT  20.36 
 
 		 695 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25 
 
 		 884 aa  70.5  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  21.52 
 
 		 905 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.81 
 
 		 905 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  21.57 
 
 		 901 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  21.65 
 
 		 1003 aa  68.9  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  21.62 
 
 		 861 aa  68.9  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  22.87 
 
 		 904 aa  68.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  21.45 
 
 		 879 aa  67.4  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  21.8 
 
 		 907 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  23.5 
 
 		 758 aa  66.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  22.37 
 
 		 914 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  23.19 
 
 		 901 aa  66.2  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  22.27 
 
 		 944 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  22.11 
 
 		 907 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  21.17 
 
 		 905 aa  65.9  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  22.35 
 
 		 897 aa  65.5  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  22.96 
 
 		 1204 aa  64.7  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0766  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.94 
 
 		 840 aa  63.9  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.310851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3120  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.63 
 
 		 854 aa  63.9  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  20.79 
 
 		 921 aa  64.3  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 204 aa  63.5  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  22.95 
 
 		 901 aa  62.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  22.95 
 
 		 902 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  22.95 
 
 		 901 aa  62.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  22.95 
 
 		 901 aa  62.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  19.76 
 
 		 932 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 		 901 aa  62.4  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  22.95 
 
 		 901 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  21.65 
 
 		 899 aa  62  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 209 aa  62  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5261  competence protein A  45.59 
 
 		 213 aa  62  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19850  putative transcriptional regulator  21.33 
 
 		 827 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.326832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.66 
 
 		 877 aa  61.6  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3636  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.05 
 
 		 953 aa  61.2  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164203 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  21.44 
 
 		 913 aa  61.2  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  24.75 
 
 		 717 aa  60.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 212 aa  60.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  40 
 
 		 209 aa  59.7  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  21.29 
 
 		 901 aa  59.7  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>