More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1432 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 837 aa  1674    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  26.87 
 
 		 861 aa  147  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  25.44 
 
 		 855 aa  127  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  25.03 
 
 		 888 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  25.95 
 
 		 900 aa  105  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.37 
 
 		 914 aa  103  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.6 
 
 		 913 aa  97.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  23.26 
 
 		 894 aa  95.9  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.43 
 
 		 901 aa  93.2  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  20.86 
 
 		 921 aa  87  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0833  regulatory protein, LuxR  23.01 
 
 		 904 aa  83.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  24.59 
 
 		 890 aa  82  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 		 914 aa  79  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  21.63 
 
 		 896 aa  77.8  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  23.94 
 
 		 899 aa  68.2  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  20.44 
 
 		 896 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.12 
 
 		 887 aa  67.8  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.15 
 
 		 880 aa  67.4  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 947 aa  67  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  23.3 
 
 		 891 aa  66.6  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  25.7 
 
 		 911 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.71 
 
 		 766 aa  65.5  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  56.14 
 
 		 1336 aa  65.1  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3636  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 		 953 aa  65.1  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164203 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.43 
 
 		 900 aa  65.1  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  25.45 
 
 		 960 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.07 
 
 		 925 aa  63.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29510  ATP-dependent transcriptional regulator  32.74 
 
 		 992 aa  61.6  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.611914 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  26.01 
 
 		 896 aa  60.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  24.77 
 
 		 1108 aa  60.8  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3564  MalT  23.22 
 
 		 695 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  22.01 
 
 		 903 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0105  transcriptional regulator domain protein  21.73 
 
 		 969 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  22.01 
 
 		 903 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.19 
 
 		 921 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.19 
 
 		 921 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.41 
 
 		 901 aa  58.5  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4194  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  47.62 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0104113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  29.8 
 
 		 933 aa  58.5  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  26.12 
 
 		 1097 aa  58.2  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  23.48 
 
 		 905 aa  58.2  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.94 
 
 		 921 aa  57  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  31.94 
 
 		 913 aa  56.2  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 894 aa  56.2  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.05 
 
 		 947 aa  56.6  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  55.8  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3120  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  33.33 
 
 		 854 aa  55.5  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 185 aa  55.8  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 206 aa  55.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  21.57 
 
 		 921 aa  55.1  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  22.67 
 
 		 904 aa  55.1  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  23.17 
 
 		 901 aa  55.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  27.62 
 
 		 900 aa  55.5  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  39 
 
 		 873 aa  55.1  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  23.17 
 
 		 901 aa  55.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  23.17 
 
 		 901 aa  55.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2887  transcriptional regulator domain protein  28.96 
 
 		 997 aa  55.1  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0904649  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  46.43 
 
 		 919 aa  55.1  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 904 aa  54.7  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  54.7  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  21.97 
 
 		 901 aa  54.7  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.1 
 
 		 901 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  48 
 
 		 922 aa  54.3  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27 
 
 		 884 aa  54.3  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 224 aa  54.3  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  24.1 
 
 		 901 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 214 aa  53.9  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 221 aa  53.9  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1134  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 213 aa  53.9  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  24.1 
 
 		 901 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 217 aa  53.9  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  41.79 
 
 		 219 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.39 
 
 		 1021 aa  53.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4222  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.69 
 
 		 309 aa  53.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.157864 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 237 aa  53.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 680 aa  52.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 209 aa  53.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 236 aa  52.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  23.99 
 
 		 902 aa  52.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  41.79 
 
 		 219 aa  52.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  33.61 
 
 		 917 aa  52.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 240 aa  52.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0414  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 544 aa  52.4  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.865726 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5374  two component response regulator  50 
 
 		 779 aa  52  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3331  transcriptional regulator, LuxR family  38.03 
 
 		 429 aa  52.4  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.573332  normal  0.222542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  24.78 
 
 		 914 aa  52.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 210 aa  52.4  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 226 aa  52  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 227 aa  52  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  24.68 
 
 		 1110 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3996  transcriptional activator domain protein  27.62 
 
 		 1009 aa  52  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.306526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 197 aa  51.6  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1960  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.96 
 
 		 215 aa  52  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000329107  hitchhiker  0.00000396613 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  23.89 
 
 		 901 aa  51.6  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 227 aa  51.6  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 215 aa  51.2  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 216 aa  51.2  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>