More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5613 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5613  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 238 aa  477  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3000  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.42213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.37 
 
 		 270 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4863  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.37 
 
 		 263 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.937693  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4346  regulatory protein LuxR  34.22 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4715  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.22 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525745 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  36.78 
 
 		 217 aa  95.1  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  35.08 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 212 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.93 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  34.18 
 
 		 221 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.41 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  33.54 
 
 		 221 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  31.22 
 
 		 214 aa  85.5  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3578  regulatory protein LuxR  33.18 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0721369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  32.05 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1627  two component LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0484719  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  30.37 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4598  two component LuxR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  30.37 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3277  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.16 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.87 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.55 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.15 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6192  two component LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446565  normal  0.0472092 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  33.53 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0654  two component LuxR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.639317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  27.85 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.85 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  35.5 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 252 aa  75.5  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  32.42 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  34.81 
 
 		 209 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  34.81 
 
 		 209 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  34.81 
 
 		 209 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  34.81 
 
 		 209 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5304  response regulator receiver protein  32.78 
 
 		 220 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5905  response regulator receiver protein  36.64 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0252894  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.81 
 
 		 209 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0149  DNA-binding response regulator  28.11 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.81 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  32.28 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.06 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.527048  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1056  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.22 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1072  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.562029  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3579  regulatory protein LuxR  31.51 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0227422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.22 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  32.28 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.605869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.3 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  31.03 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  28.74 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0691  two component LuxR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0394761 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  28.92 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.17 
 
 		 215 aa  72  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  33.73 
 
 		 216 aa  72  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3579  two component LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 217 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.393396  normal  0.0540104 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 223 aa  72  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  33.14 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  32 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  33.54 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  33.54 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  33.54 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.7 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 200 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>