More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3878 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  98.5 
 
 		 200 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  98.5 
 
 		 200 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  98.5 
 
 		 200 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  98.5 
 
 		 200 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  72 
 
 		 200 aa  304  7e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03368  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000358261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3925  transcriptional regulator, LuxR family  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.237516  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  71.5 
 
 		 200 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  71 
 
 		 200 aa  300  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.31 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 209 aa  92  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 219 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.73 
 
 		 219 aa  88.2  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3305  LuxR family DNA-binding response regulator  27.09 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 		 219 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 221 aa  86.7  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0209  two component LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  26 
 
 		 222 aa  85.1  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  30.5 
 
 		 210 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  27 
 
 		 221 aa  84.7  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  33.33 
 
 		 209 aa  84.7  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1927  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.682063 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  31.17 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  30.5 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1953  two component LuxR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.160868  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1894  putative response regulator receiver protein  28.78 
 
 		 204 aa  81.3  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.761861  normal  0.0769356 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  32.31 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3420  LuxR family DNA-binding response regulator  26.73 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  27.7 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2824  transcriptional regulator, LuxR response regulator receiver  30.08 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  28.92 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.34 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  26.57 
 
 		 238 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  26.76 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  29.49 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  23.79 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2848  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.1 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.857037  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  31.85 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  27.01 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.29 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.11 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1401  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.96 
 
 		 217 aa  74.7  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.02 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2614  two component LuxR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3851  two component LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.4 
 
 		 270 aa  74.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  24.38 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.75 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2674  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  25.37 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  22.86 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.92 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2789  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.56 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>