More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1951 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  100 
 
 		 213 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  92.96 
 
 		 213 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  57.49 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  57.49 
 
 		 219 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  53.37 
 
 		 217 aa  219  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 210 aa  209  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  53.81 
 
 		 216 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.76 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.76 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  50.72 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  47.34 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  50.48 
 
 		 216 aa  194  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  52.13 
 
 		 221 aa  191  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  52.13 
 
 		 221 aa  191  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  49.05 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  49.05 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  49.05 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  49.05 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  49.05 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  49.01 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  52.15 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  47.85 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  47.6 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 212 aa  184  8e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  47.37 
 
 		 215 aa  184  9e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.85 
 
 		 215 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 209 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  48.79 
 
 		 208 aa  182  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 209 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.25 
 
 		 203 aa  181  9.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 219 aa  181  9.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  48.24 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  44.71 
 
 		 210 aa  178  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  45.19 
 
 		 210 aa  178  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.57 
 
 		 209 aa  177  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  47.74 
 
 		 209 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 209 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 209 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 209 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  46.23 
 
 		 209 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 209 aa  171  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  51.67 
 
 		 216 aa  168  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  51.67 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  46.15 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2262  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0331529  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2568  transcriptional regulator NarL  51.2 
 
 		 216 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 238 aa  164  8e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.72 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.72 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.57 
 
 		 227 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  46.04 
 
 		 204 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 250 aa  158  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  41.43 
 
 		 213 aa  158  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 221 aa  158  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  41.12 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 235 aa  154  7e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 217 aa  154  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  40.64 
 
 		 222 aa  153  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  39.53 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 240 aa  153  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 212 aa  151  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  38.21 
 
 		 221 aa  151  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 237 aa  151  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 237 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.73 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.32 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.77 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.03 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>