More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2464 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  440  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.3 
 
 		 218 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.3 
 
 		 218 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.6 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  46.95 
 
 		 221 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  48.6 
 
 		 222 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4598  two component LuxR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 217 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.87 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  47.87 
 
 		 217 aa  177  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  44.93 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  44.44 
 
 		 219 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.59 
 
 		 243 aa  170  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  45.41 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3764  two component LuxR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.63 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 221 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6192  two component LuxR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446565  normal  0.0472092 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0654  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.639317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 217 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  42.01 
 
 		 233 aa  158  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 216 aa  158  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  43.41 
 
 		 219 aa  155  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1869  two component LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 231 aa  154  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  41.26 
 
 		 216 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  41.15 
 
 		 214 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  40.38 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 213 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  40 
 
 		 209 aa  148  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.53 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.62 
 
 		 213 aa  147  9e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.78 
 
 		 216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  36.71 
 
 		 203 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  41.31 
 
 		 213 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 210 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.65 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 222 aa  145  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.45 
 
 		 217 aa  144  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.96 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  36.41 
 
 		 216 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  38 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  39.42 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  38.86 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2449  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0335  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.53 
 
 		 220 aa  142  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  42.36 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0801  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.44 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.306134 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 209 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 221 aa  141  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  38.94 
 
 		 219 aa  141  9e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  36.89 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  36.89 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0116  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7658  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.02 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  39 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  39.44 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  38.35 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  38.35 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  37.44 
 
 		 215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  37.56 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.85 
 
 		 209 aa  139  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.79 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.12 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.67 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.55 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1796  response regulator receiver  39.37 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.44 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>