More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2406 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  100 
 
 		 210 aa  420  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  98.57 
 
 		 210 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  68.54 
 
 		 215 aa  285  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  68.54 
 
 		 215 aa  285  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  68.54 
 
 		 215 aa  285  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  68.54 
 
 		 215 aa  284  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  68.54 
 
 		 215 aa  284  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 210 aa  280  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  66.2 
 
 		 215 aa  278  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  65.73 
 
 		 215 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  65.73 
 
 		 215 aa  274  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  65.22 
 
 		 209 aa  265  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  65.22 
 
 		 209 aa  265  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 209 aa  265  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  58.22 
 
 		 209 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  54.9 
 
 		 203 aa  225  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  56.59 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  52.43 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 209 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  49.51 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  53.4 
 
 		 210 aa  201  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  50.49 
 
 		 209 aa  201  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  53.66 
 
 		 204 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  47 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 209 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  49.51 
 
 		 219 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  49.51 
 
 		 219 aa  184  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  47.83 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 219 aa  171  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  44.55 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  45.19 
 
 		 219 aa  165  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  44.71 
 
 		 213 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 215 aa  159  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 219 aa  157  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  43.19 
 
 		 216 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.13 
 
 		 218 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.13 
 
 		 218 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  41.12 
 
 		 216 aa  154  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 216 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  41.98 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  41.67 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.71 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 213 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  44.66 
 
 		 215 aa  149  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 213 aa  148  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  40.57 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  37.2 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  37.2 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  37.2 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  37.2 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  37.2 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  42.99 
 
 		 221 aa  145  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  145  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  37.37 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 		 226 aa  143  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0277  response regulator receiver protein  40.61 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 217 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  42.52 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  39.71 
 
 		 218 aa  142  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.23 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 211 aa  142  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.3 
 
 		 243 aa  142  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 253 aa  142  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  40.59 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  41 
 
 		 209 aa  141  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 238 aa  141  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  42.13 
 
 		 217 aa  141  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.09 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 250 aa  140  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.2 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.57 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  41 
 
 		 212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.81 
 
 		 209 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0356  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.06 
 
 		 220 aa  138  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165726  normal  0.0985551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>