More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0842 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
209 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  93.78 
 
 
209 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  91.39 
 
 
209 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  88.52 
 
 
209 aa  380  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  85.65 
 
 
209 aa  378  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  87.56 
 
 
209 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  87.08 
 
 
209 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  87.56 
 
 
209 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  87.56 
 
 
209 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  86.54 
 
 
209 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  87.02 
 
 
209 aa  374  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  87.02 
 
 
209 aa  374  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  87.02 
 
 
209 aa  374  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  83.65 
 
 
209 aa  367  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  87.5 
 
 
209 aa  360  8e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  56.37 
 
 
203 aa  228  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
209 aa  214  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  51.69 
 
 
209 aa  214  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  51.21 
 
 
210 aa  214  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  51.21 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  52.48 
 
 
219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 
215 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  50.49 
 
 
215 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  50.49 
 
 
215 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  50.49 
 
 
215 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  51.98 
 
 
219 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  50.49 
 
 
215 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  51.2 
 
 
209 aa  209  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  50.49 
 
 
215 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.49 
 
 
215 aa  208  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  50 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  49.51 
 
 
210 aa  198  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  51.72 
 
 
208 aa  196  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  48.1 
 
 
217 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
219 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  53.2 
 
 
210 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  52.48 
 
 
204 aa  184  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  46.8 
 
 
219 aa  184  9e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
215 aa  178  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  46.12 
 
 
214 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  48.74 
 
 
213 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  48.74 
 
 
213 aa  171  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
219 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
219 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  39.42 
 
 
219 aa  165  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
212 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  45.15 
 
 
216 aa  161  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  43.6 
 
 
216 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  47.29 
 
 
219 aa  159  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  40.38 
 
 
221 aa  158  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 
211 aa  154  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  45.27 
 
 
215 aa  150  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 
227 aa  150  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 
223 aa  148  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2262  transcriptional regulator NarL  46.15 
 
 
216 aa  148  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0331529  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  44.12 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2568  transcriptional regulator NarL  46.15 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  43.63 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  43.63 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.69 
 
 
218 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.69 
 
 
218 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  43.14 
 
 
216 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  38 
 
 
221 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  43.14 
 
 
216 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  43.14 
 
 
216 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  43.14 
 
 
216 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  43.14 
 
 
216 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  40.78 
 
 
221 aa  142  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
221 aa  142  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.85 
 
 
229 aa  142  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.306134 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  39.9 
 
 
222 aa  140  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
237 aa  140  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
208 aa  140  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  40.29 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  37.13 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
250 aa  139  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.77 
 
 
243 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.09 
 
 
223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  36.92 
 
 
233 aa  138  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
303 aa  138  7e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  35.98 
 
 
233 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  35.98 
 
 
233 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  35.98 
 
 
233 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>