More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2262 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2262  transcriptional regulator NarL  100 
 
 		 216 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0331529  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2568  transcriptional regulator NarL  99.07 
 
 		 216 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  86.92 
 
 		 216 aa  354  5e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  84.65 
 
 		 215 aa  348  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  84.11 
 
 		 216 aa  335  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  80.56 
 
 		 216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  79.17 
 
 		 216 aa  306  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  67.61 
 
 		 221 aa  276  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  67.14 
 
 		 221 aa  274  8e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  61.21 
 
 		 219 aa  271  6e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  55.19 
 
 		 217 aa  247  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  58.65 
 
 		 219 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  58.65 
 
 		 219 aa  238  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  52.63 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 212 aa  214  7e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 215 aa  204  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 219 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  46.19 
 
 		 209 aa  194  8.000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  47.6 
 
 		 214 aa  192  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 219 aa  189  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  47.34 
 
 		 219 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 213 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  46.6 
 
 		 215 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  45.15 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  45.19 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  45.15 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  45.15 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  45.19 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  44.93 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.6 
 
 		 215 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  44.93 
 
 		 209 aa  185  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 210 aa  185  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  51.2 
 
 		 213 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  47.09 
 
 		 209 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  46.31 
 
 		 203 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.34 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 209 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 209 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 209 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 209 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  178  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  44.04 
 
 		 233 aa  177  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.57 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  43.98 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  47.34 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.19 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.19 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 209 aa  174  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  43.69 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.57 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  41.75 
 
 		 221 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 		 243 aa  165  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.58 
 
 		 223 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 223 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  42.23 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  41.75 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  43.96 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4896  response regulator receiver  38.1 
 
 		 215 aa  159  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.446448  normal  0.220667 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 216 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  45.41 
 
 		 210 aa  157  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>