More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03853 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  100 
 
 		 217 aa  431  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 219 aa  268  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  58.57 
 
 		 219 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  58.57 
 
 		 219 aa  254  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  56.07 
 
 		 216 aa  239  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  57.84 
 
 		 219 aa  237  9e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 215 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  56.73 
 
 		 215 aa  225  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  52.38 
 
 		 214 aa  219  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  54.55 
 
 		 221 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  57.01 
 
 		 216 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  51.39 
 
 		 216 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  54.07 
 
 		 221 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  57.21 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  56.28 
 
 		 216 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  56.28 
 
 		 216 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  56.28 
 
 		 216 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  56.28 
 
 		 216 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  56.28 
 
 		 216 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  49.29 
 
 		 219 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2262  transcriptional regulator NarL  55.45 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0331529  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2568  transcriptional regulator NarL  55.45 
 
 		 216 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 212 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 219 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  53.37 
 
 		 213 aa  203  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.76 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 210 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  46.12 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  47.39 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  50 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 209 aa  197  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 209 aa  197  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  47.39 
 
 		 209 aa  197  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 209 aa  197  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  47.85 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 209 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 209 aa  194  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  47.42 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  47.42 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  47.42 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  47.42 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  47.42 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  47.85 
 
 		 209 aa  192  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  47.49 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  48.26 
 
 		 203 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  47.47 
 
 		 215 aa  191  8e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.49 
 
 		 215 aa  191  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 209 aa  190  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 218 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 218 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  41.9 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  45.37 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.93 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 234 aa  171  7.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  44.55 
 
 		 210 aa  170  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  49.75 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  47.57 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  44.55 
 
 		 210 aa  169  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  42.52 
 
 		 234 aa  169  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.02 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.65 
 
 		 253 aa  168  6e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.32 
 
 		 243 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.52 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.1 
 
 		 217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  43.66 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.25 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.73 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  41.75 
 
 		 212 aa  162  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  44.98 
 
 		 208 aa  161  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 250 aa  161  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  41.94 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>