More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3982 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  100 
 
 		 209 aa  424  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  96.17 
 
 		 209 aa  410  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  96.17 
 
 		 209 aa  410  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  96.17 
 
 		 209 aa  410  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  92.34 
 
 		 209 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  92.34 
 
 		 209 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  92.34 
 
 		 209 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  92.34 
 
 		 209 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  94.26 
 
 		 209 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  87.98 
 
 		 209 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  86.54 
 
 		 209 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  86.06 
 
 		 209 aa  370  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  86.06 
 
 		 209 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  84.69 
 
 		 209 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  82.69 
 
 		 209 aa  360  9e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  55.39 
 
 		 203 aa  225  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  219  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  51.47 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  51.47 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  51.47 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  51.47 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  51.47 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  50.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 209 aa  218  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  50.24 
 
 		 209 aa  218  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.76 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 210 aa  215  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.49 
 
 		 215 aa  214  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  50.72 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  50.72 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  50 
 
 		 210 aa  204  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  49.28 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  49.51 
 
 		 210 aa  202  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  47.85 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  51.74 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 219 aa  188  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  49.75 
 
 		 208 aa  187  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  50.25 
 
 		 210 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  46.8 
 
 		 219 aa  179  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 219 aa  177  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 215 aa  174  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  41.35 
 
 		 219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  45.15 
 
 		 214 aa  171  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 219 aa  169  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  43.54 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  43.9 
 
 		 216 aa  159  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1951  putative nitrate/nitrite response regulator; NarL  46.23 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120802  normal  0.965323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  38.5 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2637  two component LuxR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 213 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0573022  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  45.59 
 
 		 216 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  45.1 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2262  transcriptional regulator NarL  47.09 
 
 		 216 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0331529  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  44.83 
 
 		 215 aa  151  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2568  transcriptional regulator NarL  47.09 
 
 		 216 aa  150  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  44.61 
 
 		 216 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.08 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.62 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 223 aa  145  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  42.16 
 
 		 221 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.03 
 
 		 223 aa  144  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 223 aa  144  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 208 aa  144  9e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  41.67 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  143  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  36.67 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  39.42 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.75 
 
 		 218 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  37.13 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.75 
 
 		 218 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2842  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.5 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.622781  decreased coverage  0.00305681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0116  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.51 
 
 		 229 aa  138  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.306134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 212 aa  138  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.62 
 
 		 231 aa  138  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 213 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  35.51 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>