More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2396 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2396  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
363 aa  735    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000296074  decreased coverage  0.0001884 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
361 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0600  SARP family transcriptional regulator  46.01 
 
 
540 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6247  transcriptional regulator, LuxR family  41.23 
 
 
352 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.670073 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  44.24 
 
 
413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  44.24 
 
 
413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  44.24 
 
 
413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  43.17 
 
 
409 aa  208  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  42.75 
 
 
436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.72 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7386  SARP family transcriptional regulator(alpha/beta hydrolase superfamily)  33.2 
 
 
514 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.18914  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2369  transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 
352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000342435  decreased coverage  0.000116263 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5761  alpha/beta hydrolase fold  30.85 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5093  transcriptional regulator, SARP family  30.89 
 
 
516 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.093357  normal  0.464925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3177  transcriptional regulator, SARP family  27.92 
 
 
526 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0715298  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 
396 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4321  alpha/beta hydrolase fold  28.94 
 
 
280 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0798376 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  28.79 
 
 
396 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  28.4 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  25.27 
 
 
271 aa  73.2  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0291  hypothetical protein  23.17 
 
 
264 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0307  hypothetical protein  24.61 
 
 
264 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1764  alpha/beta hydrolase fold  26.21 
 
 
271 aa  69.3  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718391  normal  0.0637777 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4460  3-oxoadipate enol-lactonase  25 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.312255 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  26.88 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  24.91 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  30.31 
 
 
275 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4878  alpha/beta hydrolase fold  25.84 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0658691 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  28.82 
 
 
285 aa  67  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22060  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  28.83 
 
 
262 aa  67  0.0000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00549421  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  26.1 
 
 
272 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1945  alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2691  3-oxoadipate enol-lactonase  28.9 
 
 
266 aa  66.6  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000109702  normal  0.164043 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3404  alpha/beta hydrolase fold protein  28.9 
 
 
273 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  27.82 
 
 
266 aa  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1692  3-oxoadipate enol-lactonase  27.09 
 
 
269 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  25.21 
 
 
256 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0978  3-oxoadipate enol-lactonase  26.88 
 
 
262 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1042  alpha/beta hydrolase fold  25.65 
 
 
265 aa  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2294  alpha/beta hydrolase fold  28.92 
 
 
263 aa  65.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.610151 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3415  alpha/beta hydrolase fold  38.3 
 
 
256 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0337  alpha/beta hydrolase fold  31.92 
 
 
261 aa  64.7  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245494  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4425  esterase V  25.53 
 
 
278 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8659  alpha/beta hydrolase fold protein  30.55 
 
 
266 aa  63.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2292  alpha/beta hydrolase fold  24.47 
 
 
275 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.288944 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  29.09 
 
 
265 aa  63.9  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3917  alpha/beta hydrolase fold  24.72 
 
 
251 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.827272  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  28.93 
 
 
274 aa  63.5  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2615  alpha/beta hydrolase fold  35.04 
 
 
248 aa  63.5  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.989556  normal  0.03074 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5507  alpha/beta hydrolase fold  26.02 
 
 
269 aa  63.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124996 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5020  3-oxoadipate enol-lactonase  28.63 
 
 
256 aa  63.2  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.42347 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  27.78 
 
 
425 aa  63.2  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3853  3-oxoadipate enol-lactonase  28.11 
 
 
396 aa  62.8  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126877  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  27.11 
 
 
260 aa  62.8  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0534  putative peroxidase  27.17 
 
 
281 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.476086  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0912  alpha/beta hydrolase fold  29.26 
 
 
264 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  26.56 
 
 
267 aa  61.6  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  38.32 
 
 
906 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3157  alpha/beta fold family hydrolase  25.75 
 
 
266 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2382  alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
264 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0911  alpha/beta hydrolase fold protein  24.63 
 
 
276 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.139412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0800  alpha/beta hydrolase fold  24.72 
 
 
267 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.156653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2612  alpha/beta hydrolase fold  26.12 
 
 
250 aa  59.7  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal  0.0292589 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  25.55 
 
 
260 aa  59.3  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4082  alpha/beta hydrolase fold  26.52 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  44.19 
 
 
227 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  33.64 
 
 
248 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3736  alpha/beta hydrolase fold  20.94 
 
 
305 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.265867  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 
212 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  28.4 
 
 
264 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0298  B-ketoadipate enol-lactone hydrolase protein  26.12 
 
 
279 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2497  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 
269 aa  57.8  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0263  Alpha/beta hydrolase fold  25.55 
 
 
266 aa  57.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191481  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1049  Alpha/beta hydrolase  26.96 
 
 
285 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3775  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
309 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  24.53 
 
 
275 aa  57.4  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0504  transcriptional regulator, LuxR family  33.71 
 
 
217 aa  57.4  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0705101 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1736  Alpha/beta hydrolase fold-1  25.56 
 
 
320 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2134  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
250 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.470034  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3458  hydrolase protein  26.18 
 
 
306 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326966  hitchhiker  0.00447624 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4064  alpha/beta hydrolase fold  23.6 
 
 
283 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2793  alpha/beta hydrolase fold protein  26.91 
 
 
281 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.370056 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  26.03 
 
 
277 aa  57  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
227 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
228 aa  57  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  40.62 
 
 
917 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
248 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3084  alpha/beta hydrolase fold  29.81 
 
 
235 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  33.64 
 
 
227 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0621  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  49.25 
 
 
824 aa  56.6  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000506024  unclonable  0.000000000328283 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4384  alpha/beta hydrolase fold protein  23.2 
 
 
283 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.944451 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.31 
 
 
870 aa  56.2  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0874  alpha/beta hydrolase fold protein  20.95 
 
 
301 aa  56.6  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2122  alpha/beta hydrolase fold  22.73 
 
 
263 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  37.13 
 
 
906 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  43.75 
 
 
1006 aa  56.2  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0414  LuxR family transcriptional regulator  51.52 
 
 
544 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.865726 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2283  alpha/beta hydrolase fold protein  26.5 
 
 
265 aa  56.2  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.123175  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2964  alpha/beta hydrolase fold  33.73 
 
 
282 aa  56.2  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1998  transcriptional regulator, LuxR family  51.72 
 
 
956 aa  56.2  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>