More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1729 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 82 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 82 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3708  LuxR family transcriptional regulator  90.24 
 
 		 82 aa  159  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.235669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1857  LuxR family transcriptional regulator  79.27 
 
 		 82 aa  140  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00288103  normal  0.0218384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  47.62 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  47.62 
 
 		 239 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2240  transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0186177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2045  regulatory protein, LuxR  55.38 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.242021  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 239 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 239 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 239 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 239 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 		 234 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 234 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 239 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 239 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 239 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  52.46 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.52 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  51.52 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 235 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 250 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 272 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 244 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.46 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  45.9 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.46 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  52.46 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.46 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.44 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  54.39 
 
 		 301 aa  61.6  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 213 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  45.9 
 
 		 242 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 243 aa  60.8  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  42.62 
 
 		 222 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  42.62 
 
 		 307 aa  60.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 254 aa  60.8  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 245 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  46.15 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  47.06 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  47.69 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3838  transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 954 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  46.03 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.37 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  47.06 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  46.97 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0549  two component transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  47.54 
 
 		 248 aa  58.2  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 235 aa  58.2  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 237 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 269 aa  57.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 235 aa  57.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 235 aa  57.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 242 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1702  regulatory protein, LuxR  38.81 
 
 		 238 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139777  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  42.42 
 
 		 237 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 222 aa  57.4  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  42.42 
 
 		 237 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  47.37 
 
 		 295 aa  57.8  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 246 aa  57.4  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>