More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4984 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  94.03 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  94.03 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  71.94 
 
 		 206 aa  287  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  60 
 
 		 201 aa  247  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 196 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 216 aa  148  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 204 aa  141  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 222 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  47.2 
 
 		 321 aa  118  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2665  response regulator receiver protein  41.73 
 
 		 133 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.9 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2336  response regulator receiver protein  40.16 
 
 		 133 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103968  normal  0.760096 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 225 aa  109  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 216 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 216 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 767 aa  103  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 		 365 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.3 
 
 		 589 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 265 aa  101  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  30.77 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  28 
 
 		 226 aa  99.4  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  29.81 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  99  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  29.81 
 
 		 221 aa  99.4  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4740  two component LuxR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 160 aa  99  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318753  normal  0.272493 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.79 
 
 		 217 aa  99  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  28.71 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 231 aa  98.6  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 233 aa  98.6  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  39.84 
 
 		 352 aa  98.2  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 310 aa  98.6  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2846  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 215 aa  98.2  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.243379  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2938  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 215 aa  98.2  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.57 
 
 		 234 aa  98.2  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 		 221 aa  98.2  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2754  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  98.2  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.221671  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.5 
 
 		 350 aa  97.8  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  30.67 
 
 		 460 aa  96.7  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  29.74 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.65 
 
 		 354 aa  95.5  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 		 387 aa  95.5  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 355 aa  95.5  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  34.93 
 
 		 218 aa  95.1  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.34 
 
 		 352 aa  95.5  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 552 aa  95.1  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 348 aa  94.7  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  40.65 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.65 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  40.31 
 
 		 247 aa  94.4  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  40.65 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  40.65 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 441 aa  93.2  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6902  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.85 
 
 		 210 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173656  normal  0.571333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 705 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  43.33 
 
 		 806 aa  93.2  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1777  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0722021  normal  0.591414 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.5 
 
 		 220 aa  92.8  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  40.65 
 
 		 231 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0802  two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 220 aa  92.8  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.42 
 
 		 225 aa  92.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  29.58 
 
 		 229 aa  92.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 441 aa  92  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  29.53 
 
 		 196 aa  92  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2743  two component LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 215 aa  92  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.231043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  42.62 
 
 		 663 aa  92  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  31.4 
 
 		 229 aa  91.7  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  34.59 
 
 		 228 aa  91.3  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 227 aa  91.7  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  31.14 
 
 		 1342 aa  91.3  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  31.79 
 
 		 228 aa  90.5  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 245 aa  90.5  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 288 aa  90.5  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  90.9  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.21 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.95 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  33 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1887  adenylate/guanylate cyclase  38.67 
 
 		 403 aa  90.9  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0819  LuxR family two component transcriptional regulator  28.95 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.633548  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  38.66 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  42.15 
 
 		 403 aa  89.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  35.2 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  33.16 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  42.19 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  32.62 
 
 		 234 aa  89.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  36.23 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3722  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.4 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.88 
 
 		 225 aa  89.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.88 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.14 
 
 		 227 aa  89.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  31.22 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.02 
 
 		 223 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 237 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>