More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1702 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1702  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
238 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139777  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  43.75 
 
 
234 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.75 
 
 
234 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.75 
 
 
236 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.75 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  35.09 
 
 
236 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  36.52 
 
 
247 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  42.31 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  35.87 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  38.79 
 
 
247 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  42.17 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  38.75 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  36.44 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
241 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
241 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  35.92 
 
 
237 aa  62.8  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  35.92 
 
 
237 aa  62.8  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
241 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
241 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
237 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
237 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
237 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
235 aa  62.4  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.64 
 
 
241 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
235 aa  62  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
228 aa  62  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
228 aa  62  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  47.76 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  43.28 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  43.94 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  60.78 
 
 
201 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1681  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.86 
 
 
238 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  42.42 
 
 
239 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  45.16 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
247 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
247 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 
230 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
247 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3708  LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
82 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.235669  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
82 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  39.53 
 
 
211 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
82 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
238 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.04 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.04 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 
253 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 
306 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4278  regulatory protein, LuxR  40.26 
 
 
77 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.61759  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  28.74 
 
 
309 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4644  transcriptional regulator, LuxR family  42.47 
 
 
77 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.19 
 
 
240 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
260 aa  56.6  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1857  LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
82 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00288103  normal  0.0218384 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.19 
 
 
240 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
321 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 
248 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0846  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
74 aa  56.2  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
237 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 
240 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35 
 
 
240 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
234 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1316  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 
210 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 
248 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
269 aa  55.1  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  37.65 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
245 aa  55.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
301 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  39.44 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>