More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5188 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  100 
 
 		 220 aa  437  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  45.69 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  43.15 
 
 		 210 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 216 aa  148  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  40.5 
 
 		 210 aa  148  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 206 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  39.79 
 
 		 213 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  39.79 
 
 		 213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 202 aa  123  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  34.78 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3835  two component LuxR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.760782  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 220 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 228 aa  105  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 220 aa  105  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 220 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 220 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 220 aa  101  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 215 aa  99.4  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 235 aa  99  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 225 aa  98.6  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 		 224 aa  98.6  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 210 aa  98.2  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  35.68 
 
 		 215 aa  98.2  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.83 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  32.21 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  32.21 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  34 
 
 		 220 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 207 aa  96.3  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  32.32 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  32.34 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 209 aa  96.3  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  32.32 
 
 		 215 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 215 aa  95.9  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  32.32 
 
 		 215 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  32.06 
 
 		 219 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 220 aa  95.5  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 		 218 aa  95.1  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 		 218 aa  95.1  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.1 
 
 		 223 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 218 aa  94.7  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  33.33 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  31.58 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 215 aa  94  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4854  putative two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 211 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0717  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.854815  normal  0.189113 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  31 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 208 aa  93.2  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  32.66 
 
 		 210 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  35 
 
 		 211 aa  92  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 219 aa  92.4  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 215 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  32.69 
 
 		 215 aa  92  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 221 aa  92  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  36 
 
 		 209 aa  92  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.97 
 
 		 227 aa  91.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.18 
 
 		 215 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  33.17 
 
 		 210 aa  91.7  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2061  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 224 aa  91.7  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 198 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  32.14 
 
 		 209 aa  91.3  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  30.46 
 
 		 203 aa  91.3  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  32.14 
 
 		 209 aa  90.5  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  34.67 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.37 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 209 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  31.75 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  30.54 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3317  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>