More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3606 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  397  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  84.36 
 
 		 210 aa  336  9.999999999999999e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  57.65 
 
 		 216 aa  208  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  51.49 
 
 		 207 aa  198  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  56.28 
 
 		 210 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  52.79 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  50.75 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 210 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  51.28 
 
 		 213 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 202 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  42.79 
 
 		 220 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 215 aa  115  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 224 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  36.54 
 
 		 224 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 221 aa  111  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 213 aa  109  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3065  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 198 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 219 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  35.89 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  30.88 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 218 aa  106  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  30.58 
 
 		 220 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.68 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 219 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  104  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 220 aa  104  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  36.45 
 
 		 206 aa  104  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  31.88 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4854  putative two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  30.14 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  30.48 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1110  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.79 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0937  LuxR family DNA-binding response regulator  29.68 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.715087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  31.19 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  31.71 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.72 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  32.71 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0522  response regulator receiver protein  30.56 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 213 aa  102  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.5 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 216 aa  102  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4801  two component LuxR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 223 aa  101  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.49 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 		 220 aa  101  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  31.58 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  33 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  32.2 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  30.81 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 207 aa  99.8  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  29.85 
 
 		 207 aa  99.8  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 209 aa  99.8  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0664  two component LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.358413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  32.2 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0219  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.463895 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 210 aa  99.4  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  30.5 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  29.76 
 
 		 207 aa  98.6  5e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 232 aa  99  5e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 215 aa  99  5e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  28.77 
 
 		 227 aa  99  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2614  two component LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 212 aa  98.6  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>