More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1571 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 221 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 221 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38930  putative transcriptional regulator  38.99 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  36.93 
 
 		 248 aa  132  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3317  putative transcriptional regulator  38.53 
 
 		 221 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4850  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 257 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.0399542 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.84 
 
 		 227 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.05 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  34.26 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  32 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 221 aa  121  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  32.73 
 
 		 222 aa  121  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 252 aa  121  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 209 aa  121  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  33.8 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.08 
 
 		 218 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.08 
 
 		 218 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  33.02 
 
 		 218 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  33.95 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1159  two component LuxR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.942847  normal  0.660482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  32.71 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.93 
 
 		 209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 222 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  32.71 
 
 		 215 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 219 aa  115  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 208 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 220 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  31.63 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.78 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2130  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.42 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  32.09 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  31.19 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  35.19 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  34.55 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  30.67 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 216 aa  113  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  32.11 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  35.19 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  35.19 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  35.19 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  33.78 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  35.19 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  31.39 
 
 		 238 aa  112  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1894  putative response regulator receiver protein  30.67 
 
 		 204 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.761861  normal  0.0769356 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  32.26 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.05 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  31.98 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 216 aa  112  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0960  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 214 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.28 
 
 		 225 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 217 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.75 
 
 		 226 aa  111  9e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 212 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>