More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4040 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  431  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 210 aa  209  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  57.65 
 
 		 208 aa  207  8e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 201 aa  202  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  53.54 
 
 		 210 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  52.28 
 
 		 210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  52.53 
 
 		 207 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  54.4 
 
 		 213 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  54.92 
 
 		 213 aa  175  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  44.39 
 
 		 220 aa  158  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 202 aa  145  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  35.85 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.26 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 212 aa  108  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0219  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.26 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.463895 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 198 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  35.98 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  35.23 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  35.98 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  35.98 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  35.98 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  35.98 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 230 aa  104  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  32.04 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0261  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.574059  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  34.2 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  34.98 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.15 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.88 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0290  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 219 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  34.48 
 
 		 215 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  34.16 
 
 		 216 aa  101  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 223 aa  101  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 210 aa  101  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 215 aa  101  8e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.49 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0664  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.358413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  35.86 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  32.37 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  34.33 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.68 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0801  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  31.86 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  32.04 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  33.83 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.45 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0432  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00543066  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  36.87 
 
 		 213 aa  99.4  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.52 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  34.33 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 232 aa  99.4  4e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 239 aa  98.2  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 212 aa  98.6  7e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 210 aa  98.2  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  30.05 
 
 		 224 aa  98.2  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  30.05 
 
 		 224 aa  98.2  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 214 aa  98.2  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 214 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.11 
 
 		 215 aa  97.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 214 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 214 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>