More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5114 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  457  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 228 aa  278  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1110  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.17 
 
 		 245 aa  222  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  59.51 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0202732  normal  0.168937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.57 
 
 		 223 aa  215  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4801  two component LuxR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 213 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 210 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 219 aa  121  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 212 aa  118  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 219 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 220 aa  118  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  32.86 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.65 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  36.54 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  37.02 
 
 		 215 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  36.06 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 220 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  33.8 
 
 		 242 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  34.7 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 221 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 221 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 220 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  31.88 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  34.95 
 
 		 221 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  35.05 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 219 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  36.94 
 
 		 215 aa  111  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  111  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.73 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  33.18 
 
 		 220 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 220 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38930  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3347  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.563314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 209 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 221 aa  108  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 215 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0029  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.3 
 
 		 214 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 214 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0011  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 214 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 215 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 		 206 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3317  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 221 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00712  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  35.68 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169527  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.89 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.24 
 
 		 225 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  36.15 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2061  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  34.27 
 
 		 217 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 212 aa  105  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 217 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.85 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 224 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  33.33 
 
 		 218 aa  105  7e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 219 aa  105  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  36.54 
 
 		 226 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  31.02 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.95 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  34.29 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  31.46 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  32.06 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 213 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 215 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.49 
 
 		 203 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>