More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4349 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  394  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 210 aa  218  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  58.79 
 
 		 208 aa  217  7.999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  52.94 
 
 		 210 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 216 aa  201  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  52.26 
 
 		 207 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  51.53 
 
 		 210 aa  193  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 210 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  51.3 
 
 		 213 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  51.56 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 202 aa  154  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  44.44 
 
 		 220 aa  151  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 252 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  37.38 
 
 		 224 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0219  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.463895 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  34.78 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 224 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 221 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0937  LuxR family DNA-binding response regulator  34.47 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.715087  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 220 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  36.82 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  35.35 
 
 		 211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 212 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.41 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0664  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.358413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5375  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.07 
 
 		 218 aa  108  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 209 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  39.49 
 
 		 209 aa  107  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  35.61 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  34.85 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  32.52 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.95 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  36.82 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4485  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 213 aa  105  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.310872  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 220 aa  105  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38930  putative transcriptional regulator  33.49 
 
 		 221 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.17 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  32.84 
 
 		 227 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  33.17 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3317  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  32.86 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  34.11 
 
 		 217 aa  104  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 217 aa  104  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 		 221 aa  104  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  32.2 
 
 		 207 aa  103  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  33.5 
 
 		 218 aa  103  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3305  LuxR family DNA-binding response regulator  33.16 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  33.67 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.25 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 215 aa  103  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2689  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  33.02 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  41.87 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>