More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1894 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1894  putative response regulator receiver protein  100 
 
 		 204 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.761861  normal  0.0769356 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0960  two component LuxR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0828  two component LuxR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 204 aa  223  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00513824  normal  0.360671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1676  two component LuxR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 210 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0087  two component transcriptional regulator, LuxR  41.67 
 
 		 210 aa  164  9e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.197031  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1723  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4184  hypothetical protein  41.29 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.400045  normal  0.380291 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2744  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 201 aa  145  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4131  two component LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4179  hypothetical protein  40.29 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365276 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2354  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 224 aa  109  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  32.37 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.11 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 221 aa  106  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4737  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 		 241 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0133592 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 218 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 209 aa  104  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 218 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 229 aa  104  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 220 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7658  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.42 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 219 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  32.35 
 
 		 211 aa  102  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  33.96 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.58 
 
 		 215 aa  101  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 221 aa  101  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  32.85 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  32.37 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  31.75 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.22 
 
 		 209 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.47 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  35.15 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 216 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 218 aa  99.4  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.86 
 
 		 235 aa  99.4  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26840  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.02 
 
 		 239 aa  99.4  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.274056  normal  0.228776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  99.4  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 215 aa  99  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  99  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 219 aa  99  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 213 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 208 aa  99  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 216 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 221 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  33.66 
 
 		 211 aa  99  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 216 aa  98.6  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6980  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.21 
 
 		 213 aa  98.6  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.999676 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 213 aa  98.6  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  32.37 
 
 		 217 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3998  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 233 aa  98.2  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.363745  normal  0.263649 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  30.08 
 
 		 233 aa  98.2  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1222  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 225 aa  98.2  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 217 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 230 aa  97.8  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 224 aa  97.8  9e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 223 aa  97.8  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  32.56 
 
 		 217 aa  97.4  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 209 aa  97.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 238 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  31.5 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 212 aa  96.7  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1531  LuxR family DNA-binding response regulator  28.5 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000956559  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.8 
 
 		 224 aa  96.3  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6963  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.42 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.029709  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2882  two component LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.533901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2171  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 218 aa  96.7  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0762379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 213 aa  96.3  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4192  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.33 
 
 		 251 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.270399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  30.7 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.27 
 
 		 217 aa  96.3  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 212 aa  96.3  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>