More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4066 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  68.18 
 
 		 248 aa  314  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  66.36 
 
 		 248 aa  311  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  58.12 
 
 		 245 aa  272  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  54.1 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  51.61 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  44.26 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  46.97 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 244 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  35.24 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  41.43 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  47.54 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 254 aa  58.5  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  37.11 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  37.11 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.79 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  38.75 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  44.26 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  36.08 
 
 		 243 aa  57  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  42.62 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  42.19 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  35.21 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1563  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000942452  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3480  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147525 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1348  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000440829  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1322  response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.30192e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1321  response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000332221  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2623  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1601  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000136266  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1495  DNA-binding response regulator  40.98 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1457  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000538049  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1531  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64189e-24 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  24.55 
 
 		 240 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1363  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0039551  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3849  DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000308683  hitchhiker  0.000000000350245 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 231 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 381 aa  54.7  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.91 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1062  transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 933 aa  53.9  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1702  regulatory protein, LuxR  40.68 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139777  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  41.54 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1316  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 339 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  35.11 
 
 		 301 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 316 aa  53.9  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 333 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  46.43 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 230 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>