More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1374 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1374  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  540  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2579  LuxR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 257 aa  139  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.286869  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 272 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 257 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1874  LuxR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2681  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.217011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0238  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 267 aa  77  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 239 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  36.54 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  46.03 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.22 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  49.25 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8243  response regulator receiver protein  47.95 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.931194  normal  0.230681 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  48.53 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  47.54 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3665  LuxR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.282994  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3402  response regulator receiver protein  54.39 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.511462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  46.67 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  46.43 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  45.07 
 
 		 213 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.62 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.265474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  32.67 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.59 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  46.15 
 
 		 873 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  33.86 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2533  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.06 
 
 		 225 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5412  transcriptional regulator, LuxR family  32.61 
 
 		 155 aa  57.4  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207706  normal  0.221863 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 864 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 250 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1362  LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 356 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 309 aa  57  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  48.39 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2348  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2391  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0696687  hitchhiker  0.00128542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  42.47 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1210  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.86 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.85 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2789  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246733  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.66 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  39.73 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2469  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.126163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  43.66 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8412  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>