More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3779 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3779  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
248 aa  501  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1362  LuxR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
257 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  35.81 
 
 
255 aa  137  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  35.11 
 
 
278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  29.71 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 
244 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  52.17 
 
 
253 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  49.18 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.12 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  49.18 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  49.18 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  49.18 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.8 
 
 
201 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.8 
 
 
201 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
233 aa  65.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
233 aa  65.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  31.64 
 
 
246 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
244 aa  63.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  28.12 
 
 
275 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  37.36 
 
 
301 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  50 
 
 
233 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  45.45 
 
 
260 aa  63.2  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.54 
 
 
241 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
259 aa  63.2  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
268 aa  63.2  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 
254 aa  62.8  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  44.78 
 
 
247 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 
237 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
237 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  34.92 
 
 
230 aa  62  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 
235 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2120  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
244 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0535979  normal  0.194929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  40.23 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
248 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
248 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.58 
 
 
394 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  35.54 
 
 
286 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  39.53 
 
 
242 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  46.97 
 
 
206 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
248 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 
258 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
250 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  26.43 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.94 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50.82 
 
 
425 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 
245 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  47.76 
 
 
247 aa  60.1  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
242 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.03 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
279 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  43.55 
 
 
248 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
235 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 
250 aa  59.3  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  26.72 
 
 
245 aa  58.9  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
250 aa  58.9  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
234 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 
234 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  45.59 
 
 
240 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
236 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  34.43 
 
 
254 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
258 aa  58.5  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.9 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
230 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  40.32 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  40.32 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  40.32 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  40.32 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  40.32 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
292 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.350857 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>