234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1212 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  521  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  42.98 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2301  LuxR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 267 aa  195  7e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3724  response regulator receiver protein  32.93 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.954342  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  25.74 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  26.92 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  25.32 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 276 aa  62  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  41.89 
 
 		 234 aa  62  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  24.26 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  27.14 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  23.47 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.55 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 305 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.52 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  21.99 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3341  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 275 aa  54.7  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0108642  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  27.31 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 309 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.08 
 
 		 308 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  52.08 
 
 		 309 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  33.33 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 254 aa  53.1  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  37.93 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 301 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 245 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3838  transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 161 aa  52  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  49.09 
 
 		 336 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  43.86 
 
 		 240 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 349 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 301 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1731  response regulator receiver protein  50 
 
 		 361 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0350  LuxR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.7 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.57 
 
 		 247 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 231 aa  50.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 305 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 339 aa  50.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 305 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  22.36 
 
 		 243 aa  50.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 333 aa  50.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  43.64 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 244 aa  49.3  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  25.63 
 
 		 237 aa  49.3  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  19.92 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 309 aa  49.3  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  25.63 
 
 		 237 aa  49.3  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.37 
 
 		 247 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 222 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  25 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 201 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0523  transcriptional regulator, LuxR family  47.92 
 
 		 122 aa  48.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 356 aa  48.1  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1713  two component LuxR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 361 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.310925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 201 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3574  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 		 301 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0249095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  26.32 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3692  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 		 300 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.170876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4644  transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 77 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.94 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 311 aa  47.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 201 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  41.07 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3383  response regulator receiver  43.1 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 306 aa  47.4  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  34.18 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>