191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1550 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  100 
 
 		 260 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2301  LuxR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 267 aa  192  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3724  response regulator receiver protein  33.74 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.954342  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  31.4 
 
 		 242 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 246 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.47 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.47 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  23.39 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.53 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.22 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  25.71 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  27.31 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  25.68 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  27.91 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  23.7 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.23 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  27.83 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  23.5 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  24.17 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.32 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  24.65 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  24.65 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 		 237 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.44 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 242 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 248 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 248 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 265 aa  52.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  25.97 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 203 aa  52.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  24.88 
 
 		 236 aa  52.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 235 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.71 
 
 		 234 aa  52  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  26.41 
 
 		 275 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 276 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 239 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 254 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  25.12 
 
 		 203 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  26.14 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  26 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  25.12 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 246 aa  50.4  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  22.98 
 
 		 307 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  35.05 
 
 		 255 aa  50.1  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 258 aa  49.7  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 239 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26 
 
 		 236 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.23 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  26.7 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 201 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 201 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 201 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 201 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 239 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 243 aa  49.3  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 248 aa  49.3  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 244 aa  48.9  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  19.7 
 
 		 248 aa  48.9  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  26.52 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  48.1  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 230 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  24.88 
 
 		 203 aa  48.5  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  26.83 
 
 		 233 aa  48.5  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  22.51 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>