More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3549 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
255 aa  527  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  41.77 
 
 
278 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3779  regulatory protein, LuxR  35.81 
 
 
248 aa  137  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1362  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
257 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  32.61 
 
 
246 aa  75.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  45.78 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  33.99 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  54.69 
 
 
254 aa  69.3  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.54 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  35.42 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  51.61 
 
 
286 aa  68.6  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
230 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  49.41 
 
 
242 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.8 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
244 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  33.13 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  44.05 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  44.05 
 
 
268 aa  65.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.76 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  50 
 
 
260 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  51.52 
 
 
253 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.46 
 
 
240 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  50 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  52.38 
 
 
237 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  52.38 
 
 
237 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 
258 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
234 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  40.45 
 
 
206 aa  63.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  26.02 
 
 
275 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 
245 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  50 
 
 
301 aa  62.8  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
242 aa  62.8  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  48.39 
 
 
247 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  47.54 
 
 
248 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  31.13 
 
 
234 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.89 
 
 
246 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
260 aa  61.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
425 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.76 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 
240 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  32.82 
 
 
254 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 
234 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  43.53 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
238 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 
201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.43 
 
 
394 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 
201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
239 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  33.59 
 
 
254 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  42.35 
 
 
243 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  42.35 
 
 
243 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  46.27 
 
 
240 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 
236 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 
234 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  44.26 
 
 
234 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
235 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
250 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
279 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 
234 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
228 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 
201 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0145131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>