130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2508 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  100 
 
 
203 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  78.82 
 
 
203 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  78.33 
 
 
203 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  54.19 
 
 
203 aa  226  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 
203 aa  224  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0786  response regulator receiver protein  49.75 
 
 
203 aa  213  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.537996  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7381  DNA-binding HTH domain-containing proteins  38.69 
 
 
213 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
219 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  38.78 
 
 
219 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  39.29 
 
 
219 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6095  transcriptional activator  39.57 
 
 
160 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1756  autoinducer-binding domain-containing protein  39.57 
 
 
160 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  34.8 
 
 
206 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3149  aldose 1-epimerase  39.49 
 
 
207 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491093 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3684  LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3418  response regulator receiver protein  37.63 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1707  autoinducer-binding domain-containing protein  39.55 
 
 
162 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997736  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.76 
 
 
239 aa  62  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.25 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
239 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
239 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
239 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
239 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 
235 aa  58.2  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
246 aa  57.4  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  27.6 
 
 
244 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
239 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  24.47 
 
 
242 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  24.47 
 
 
307 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
231 aa  54.7  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
239 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
268 aa  52.8  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
240 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  27.59 
 
 
260 aa  52.4  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.24 
 
 
240 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.24 
 
 
240 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 
240 aa  52  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 
240 aa  52  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.24 
 
 
240 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.24 
 
 
240 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.24 
 
 
240 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  26.8 
 
 
240 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  25.76 
 
 
236 aa  50.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 
235 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  25.87 
 
 
237 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  25.87 
 
 
237 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 
240 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 
240 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 
240 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  24.87 
 
 
248 aa  50.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.8 
 
 
240 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 
235 aa  50.4  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  25.56 
 
 
240 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  25.56 
 
 
240 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.68 
 
 
230 aa  49.3  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
242 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
230 aa  48.5  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  28.96 
 
 
236 aa  48.5  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  23.44 
 
 
243 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
242 aa  48.5  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  22.66 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  22.22 
 
 
247 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  21.15 
 
 
247 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  24.34 
 
 
247 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.47 
 
 
240 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  21.98 
 
 
235 aa  47  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  24.32 
 
 
234 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  26.18 
 
 
244 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.32 
 
 
234 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.32 
 
 
236 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  24.04 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
262 aa  45.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  24.04 
 
 
243 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
321 aa  46.2  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
239 aa  45.4  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3475  response regulator receiver  40.62 
 
 
228 aa  45.1  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.849127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
245 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  24.49 
 
 
254 aa  44.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
248 aa  44.3  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.54 
 
 
247 aa  44.7  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 
198 aa  43.9  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  24.06 
 
 
246 aa  43.9  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.5 
 
 
234 aa  43.9  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  23.66 
 
 
320 aa  43.5  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  26.4 
 
 
206 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3743  transcriptional regulator, LuxR family  37.88 
 
 
286 aa  43.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 
237 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>