62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0786 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0786  response regulator receiver protein  100 
 
 		 203 aa  414  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.537996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  65.52 
 
 		 203 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  59.14 
 
 		 203 aa  245  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  49.75 
 
 		 203 aa  224  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  51.23 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  50.74 
 
 		 203 aa  221  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7381  DNA-binding HTH domain-containing proteins  41.97 
 
 		 213 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3418  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3684  LuxR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  36.16 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  36.16 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3149  aldose 1-epimerase  37.76 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491093 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  39.9 
 
 		 206 aa  125  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6095  transcriptional activator  38.85 
 
 		 160 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1756  autoinducer-binding domain-containing protein  38.85 
 
 		 160 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1707  autoinducer-binding domain-containing protein  39.1 
 
 		 162 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  25.34 
 
 		 241 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 241 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 231 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 239 aa  51.6  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 242 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 234 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.26 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.96 
 
 		 240 aa  48.5  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  22.39 
 
 		 237 aa  48.5  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 		 239 aa  48.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  22.83 
 
 		 248 aa  48.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  26.52 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  26.57 
 
 		 244 aa  47.4  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 268 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  26.37 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  25.43 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  25.43 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  23.28 
 
 		 246 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  25.15 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  25.15 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  25.38 
 
 		 243 aa  43.5  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  25.14 
 
 		 253 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  24.86 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  22.16 
 
 		 307 aa  42.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 240 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.82 
 
 		 236 aa  42.7  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 245 aa  42  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 239 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 239 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 239 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 239 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1611  two component LuxR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 215 aa  41.6  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.650425  normal  0.234442 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 235 aa  41.6  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 235 aa  41.2  0.01  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>