106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1741 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  100 
 
 		 203 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  99.51 
 
 		 203 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  78.82 
 
 		 203 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  51.72 
 
 		 203 aa  216  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 203 aa  215  5e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0786  response regulator receiver protein  51.23 
 
 		 203 aa  213  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.537996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 219 aa  131  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 219 aa  131  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 219 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7381  DNA-binding HTH domain-containing proteins  36.18 
 
 		 213 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3149  aldose 1-epimerase  40.51 
 
 		 207 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491093 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3684  LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3418  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6095  transcriptional activator  37.41 
 
 		 160 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1756  autoinducer-binding domain-containing protein  37.41 
 
 		 160 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1707  autoinducer-binding domain-containing protein  39.1 
 
 		 162 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  34.34 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.57 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.57 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.57 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.57 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.57 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.41 
 
 		 240 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.41 
 
 		 240 aa  57  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.98 
 
 		 240 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  28.98 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.71 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.41 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.41 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.41 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  22.61 
 
 		 245 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  29.59 
 
 		 235 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  22.89 
 
 		 236 aa  52  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 239 aa  51.6  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  25.53 
 
 		 307 aa  51.6  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  26.23 
 
 		 243 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  27.17 
 
 		 240 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  26.7 
 
 		 244 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  22.75 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.23 
 
 		 239 aa  50.1  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  25.12 
 
 		 260 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 242 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 239 aa  49.3  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  20 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  23.9 
 
 		 247 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 268 aa  49.3  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 246 aa  48.9  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 231 aa  48.9  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  23.28 
 
 		 242 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  26.78 
 
 		 243 aa  48.9  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 242 aa  48.5  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 239 aa  48.5  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 228 aa  48.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  21.08 
 
 		 235 aa  48.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  25.14 
 
 		 243 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  25.14 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  21.29 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 321 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 253 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 265 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 245 aa  46.2  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 245 aa  46.2  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 245 aa  46.2  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  24.23 
 
 		 248 aa  45.8  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  21.95 
 
 		 247 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2996  two component LuxR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 595 aa  45.8  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.896317  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2026  Two-component protein Kinase  32.1 
 
 		 595 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 279 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  29.95 
 
 		 243 aa  45.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.7 
 
 		 240 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  21.39 
 
 		 251 aa  45.1  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  25.65 
 
 		 235 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  27.7 
 
 		 240 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  26.04 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  26.04 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  25.42 
 
 		 244 aa  43.9  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  24.24 
 
 		 246 aa  43.5  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 242 aa  43.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3228  Two-component protein Kinase  30.86 
 
 		 595 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1102  LuxR family DNA-binding response regulator  27.4 
 
 		 214 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 245 aa  42.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.59 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3291  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 592 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 241 aa  42.4  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  25.89 
 
 		 230 aa  42  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  25.79 
 
 		 236 aa  41.6  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>