81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0311 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  410  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0786  response regulator receiver protein  65.52 
 
 		 203 aa  261  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.537996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 203 aa  246  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  54.19 
 
 		 203 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  51.72 
 
 		 203 aa  216  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  51.23 
 
 		 203 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7381  DNA-binding HTH domain-containing proteins  40.61 
 
 		 213 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  38.42 
 
 		 219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 219 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  36.96 
 
 		 219 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3149  aldose 1-epimerase  39.79 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491093 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3684  LuxR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 226 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3418  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 226 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1756  autoinducer-binding domain-containing protein  43.88 
 
 		 160 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6095  transcriptional activator  43.88 
 
 		 160 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  36.79 
 
 		 206 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1707  autoinducer-binding domain-containing protein  39.6 
 
 		 162 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  29.28 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.73 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  24.41 
 
 		 247 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  23.47 
 
 		 247 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  23.94 
 
 		 307 aa  51.2  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 235 aa  49.7  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  24.6 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  25.75 
 
 		 245 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  23.76 
 
 		 242 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 235 aa  49.3  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  24.88 
 
 		 260 aa  48.5  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 246 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  25.57 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  25.84 
 
 		 233 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  22.22 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 233 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  25.42 
 
 		 236 aa  45.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 236 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 245 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 240 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 241 aa  45.4  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  25.28 
 
 		 233 aa  45.1  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  22.92 
 
 		 237 aa  45.1  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 235 aa  44.7  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.87 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.87 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.87 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 239 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.77 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 239 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.77 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.87 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.87 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.56 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 268 aa  43.9  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  24 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  24 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  20.34 
 
 		 248 aa  43.1  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 254 aa  43.1  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0091  regulatory protein LuxR  35.21 
 
 		 410 aa  43.1  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 279 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  24.59 
 
 		 253 aa  42.4  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  24.73 
 
 		 320 aa  42.4  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 242 aa  42.4  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 239 aa  42  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  23.56 
 
 		 237 aa  42  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  22.97 
 
 		 235 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>