44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1707 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1707  autoinducer-binding domain-containing protein  100 
 
 		 162 aa  334  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6095  transcriptional activator  81.76 
 
 		 160 aa  275  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1756  autoinducer-binding domain-containing protein  81.76 
 
 		 160 aa  275  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2508  response regulator receiver protein  39.55 
 
 		 203 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0278305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1741  LuxR family protein  39.1 
 
 		 203 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0795299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0387  response regulator receiver protein  38.35 
 
 		 203 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 203 aa  113  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  39.6 
 
 		 203 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0786  response regulator receiver protein  39.1 
 
 		 203 aa  108  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.537996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3149  aldose 1-epimerase  32.47 
 
 		 207 aa  77.4  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491093 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1757  response regulator receiver protein  28.19 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6096  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1708  response regulator receiver protein  29.53 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7381  DNA-binding HTH domain-containing proteins  35.58 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3684  LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  33.9 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3418  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  35.96 
 
 		 235 aa  47.4  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  36.36 
 
 		 307 aa  43.9  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 262 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.47 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  42  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  31.88 
 
 		 240 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 247 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 245 aa  42  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  31.88 
 
 		 240 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  25.56 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  25.56 
 
 		 227 aa  42  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.47 
 
 		 239 aa  41.6  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.56 
 
 		 240 aa  41.6  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.56 
 
 		 240 aa  41.6  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.56 
 
 		 240 aa  41.2  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.56 
 
 		 240 aa  41.2  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.56 
 
 		 240 aa  41.2  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  28.57 
 
 		 234 aa  41.2  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 231 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  28.57 
 
 		 243 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 234 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>