143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3724 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3724  response regulator receiver protein  100 
 
 		 290 aa  590  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.954342  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1550  putative regulatory protein  33.74 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2301  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4185  hypothetical protein  28.27 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.382441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  33.09 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  32.37 
 
 		 243 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4855  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.78 
 
 		 244 aa  52.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.093919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 243 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 234 aa  51.6  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 508 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0514  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 206 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  37.08 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0350  LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 		 243 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 228 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 224 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.67 
 
 		 394 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 643 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 262 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  42.22 
 
 		 202 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  45 
 
 		 643 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.37 
 
 		 425 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3726  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 826 aa  46.2  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473578  normal  0.0380673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3391  transcriptional regulator, LuxR family  37.84 
 
 		 171 aa  46.2  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0382463  normal  0.946449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  44.64 
 
 		 304 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  48.21 
 
 		 298 aa  46.2  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3579  regulatory protein LuxR  41.43 
 
 		 213 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0227422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.78 
 
 		 234 aa  46.2  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 218 aa  45.8  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 305 aa  45.8  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 502 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 774 aa  45.8  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  37.21 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  33.82 
 
 		 210 aa  45.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 301 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1134  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 213 aa  45.4  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4345  regulatory protein LuxR  44.26 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2369  transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000342435  decreased coverage  0.000116263 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4862  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 208 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 207 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2809  regulatory protein, LuxR  43.64 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1734  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159279  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 209 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4714  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 216 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.375128 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.61 
 
 		 240 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 214 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 206 aa  44.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 211 aa  45.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 502 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.18 
 
 		 222 aa  43.9  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  44.3  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  42.31 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3280  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 223 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  46.3 
 
 		 295 aa  44.3  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  48.98 
 
 		 963 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0703519 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  36.9 
 
 		 216 aa  43.9  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 633 aa  43.9  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1505  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 522 aa  43.9  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  42.31 
 
 		 210 aa  43.5  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 235 aa  43.5  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 246 aa  43.5  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2658  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 215 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 214 aa  43.5  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 250 aa  43.5  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3380  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 259 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277634 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 210 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  46 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.98 
 
 		 306 aa  43.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 212 aa  43.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 309 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1523  response regulator receiver protein  37.31 
 
 		 215 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.894169  normal  0.0152488 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 220 aa  43.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 339 aa  43.5  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 235 aa  43.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 247 aa  43.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 247 aa  43.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>