More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1446 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  100 
 
 		 210 aa  431  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  69.05 
 
 		 210 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  70.95 
 
 		 211 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  68.27 
 
 		 210 aa  300  8.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  66.51 
 
 		 211 aa  290  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  66.51 
 
 		 211 aa  289  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  66.51 
 
 		 211 aa  289  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  68.1 
 
 		 210 aa  287  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 211 aa  284  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 211 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  65.57 
 
 		 211 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  64.62 
 
 		 211 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  64.62 
 
 		 211 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  64.62 
 
 		 211 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  64.62 
 
 		 211 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  64.11 
 
 		 208 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.78 
 
 		 216 aa  95.5  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 224 aa  93.2  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.34 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.34 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.12 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.34 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.12 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.34 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.34 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  32.12 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.12 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.12 
 
 		 190 aa  92  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.12 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  33.13 
 
 		 216 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  33.13 
 
 		 216 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  36.81 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  36.11 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  40.16 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  33.73 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  26.89 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  29.45 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  35.56 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  27.18 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  27.16 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.46 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  26.57 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 238 aa  68.2  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.38 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  34.21 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  33.58 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  37.86 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.45 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  48.48 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  51.79 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.51 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  41.57 
 
 		 556 aa  62.8  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 219 aa  62  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.48 
 
 		 209 aa  62  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.45 
 
 		 218 aa  62  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.84 
 
 		 228 aa  62  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 227 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2440  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.25 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000119534  normal  0.0380024 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  50 
 
 		 258 aa  61.6  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18530  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.63 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2145  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0196231  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.07 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 262 aa  61.6  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.06 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  43.75 
 
 		 896 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  51.67 
 
 		 933 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  31.58 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1820  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.96 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.677493  normal  0.0923177 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2824  transcriptional regulator, LuxR response regulator receiver  30.66 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.33 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10861  nitrate/nitrite response transcriptional regulatory protein narL  28.4 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  23.49 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0096  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  51.72 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>