More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1726 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  73.21 
 
 		 210 aa  317  9e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  69.52 
 
 		 211 aa  293  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 211 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  64.11 
 
 		 210 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  62.68 
 
 		 210 aa  266  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  60.29 
 
 		 210 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 211 aa  259  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 211 aa  258  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  62.2 
 
 		 211 aa  258  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 211 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 211 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  61.24 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  61.24 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  61.24 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  35.23 
 
 		 232 aa  88.6  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.3 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 224 aa  85.5  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  37.12 
 
 		 214 aa  85.1  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  39.64 
 
 		 214 aa  84.7  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  31.06 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  31.06 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  31.06 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  29.76 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  57.63 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  32.59 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  35.78 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  31.85 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  27.54 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  27.88 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8455  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.9 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0699524  hitchhiker  0.00000314192 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  30 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 235 aa  67  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  26.63 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.96 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 335 aa  65.5  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.96 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  33.01 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2278  LuxR response regulator receiver  50.85 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3040  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0154763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  49.15 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1011  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.39 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2586  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.646343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  50 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1210  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.55 
 
 		 198 aa  62  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  52.54 
 
 		 896 aa  62  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0096  transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 78 aa  62  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  49.21 
 
 		 221 aa  61.6  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4026  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5412  transcriptional regulator, LuxR family  39.73 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207706  normal  0.221863 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0074  response regulator receiver protein  30.07 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0239  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.58 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1088  transcriptional regulator, LuxR family  48.33 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6539  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.84 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.370011  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08490  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.69 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199706  normal  0.526513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1794  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 537 aa  60.8  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000182459 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  38.05 
 
 		 933 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.31 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04700  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  43.84 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.162406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0199  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  40.85 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4745  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>