More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03706 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  88.32 
 
 		 214 aa  397  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 214 aa  227  8e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  40.8 
 
 		 218 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  41.29 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  47.79 
 
 		 217 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  42.19 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  36.07 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 238 aa  111  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  38.97 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  40.77 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.71 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.71 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.71 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.71 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.71 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  34.73 
 
 		 216 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  34.73 
 
 		 216 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.33 
 
 		 190 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  35.33 
 
 		 216 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.33 
 
 		 216 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  36.96 
 
 		 210 aa  97.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.33 
 
 		 216 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.33 
 
 		 216 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.33 
 
 		 216 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  35.51 
 
 		 210 aa  96.3  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.82 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  36.81 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  35.82 
 
 		 196 aa  89.7  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  37.93 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  88.6  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  40.15 
 
 		 213 aa  88.2  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  35.07 
 
 		 335 aa  87.8  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 208 aa  84.7  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 163 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 163 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 162 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.05 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  35.34 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  32 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2533  response regulator receiver protein  30.91 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.64 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4872  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 232 aa  72  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.247388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  31.93 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0480  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.89 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1198  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.53 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2525  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.75 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.93 
 
 		 235 aa  68.2  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.7 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 216 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4449  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 253 aa  67  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1616  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.31 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  36.11 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  30.28 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  32.11 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3475  response regulator receiver  33.33 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.849127  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6427  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140089  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2811  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.97 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.206772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>