More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2858 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 215 aa  428  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  38.38 
 
 		 222 aa  135  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  38.58 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  42.75 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  34.38 
 
 		 214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  38.28 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  38.17 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  42.19 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.29 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.29 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.29 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.29 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.29 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.52 
 
 		 216 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  39.13 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  39.13 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  34.55 
 
 		 217 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  38.51 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  38.51 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  38.51 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  38.51 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  38.51 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  38.51 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  28.42 
 
 		 221 aa  102  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  29.08 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  29.08 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  29.35 
 
 		 210 aa  90.9  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  37.9 
 
 		 213 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  28.22 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  29.85 
 
 		 210 aa  88.6  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 210 aa  88.6  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  35.59 
 
 		 335 aa  88.2  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  29.47 
 
 		 211 aa  85.5  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 211 aa  85.1  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.06 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  29.45 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  31.29 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.57 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.57 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.4 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1563  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000942452  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1348  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000440829  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1322  response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.30192e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1601  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000136266  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1457  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000538049  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1531  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64189e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3849  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000308683  hitchhiker  0.000000000350245 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1363  two component LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0039551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1321  response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000332221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2557  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.61 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.231398  normal  0.0978001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  27.01 
 
 		 221 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  31.93 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  40 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  34.27 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1495  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  31.15 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  27.01 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0094  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  26.28 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.96 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  25.55 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.63 
 
 		 253 aa  71.6  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  32.71 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2533  response regulator receiver protein  32.98 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.05 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  37.36 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.89 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  26.57 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  61.11 
 
 		 889 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>