More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3302 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  81 
 
 		 221 aa  371  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  80.72 
 
 		 255 aa  367  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  80.09 
 
 		 221 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  79.64 
 
 		 221 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  79.64 
 
 		 221 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  79.19 
 
 		 249 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  79.19 
 
 		 221 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  79.9 
 
 		 209 aa  343  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  72.73 
 
 		 222 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  73.3 
 
 		 221 aa  334  7.999999999999999e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  71.95 
 
 		 221 aa  330  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  71.82 
 
 		 222 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  68.78 
 
 		 221 aa  315  3e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  68.18 
 
 		 220 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 224 aa  291  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  62.44 
 
 		 221 aa  287  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  37.16 
 
 		 159 aa  94.4  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  32.26 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  34.68 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 335 aa  79  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  32.76 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  34.68 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  27.01 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1531  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.1 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  31.36 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  30.37 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 214 aa  72  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  33.11 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  33.08 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.52 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  34.96 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1986  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.44 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.93 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.353555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  25.93 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.06 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08490  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  29.57 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199706  normal  0.526513 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0782  two component LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  25.76 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  28.36 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.51 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3023  response regulator  27.66 
 
 		 597 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000011368  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  29.27 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  29.27 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  29.27 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2130  DNA-binding response regulator, LuxR family  25.19 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  34.11 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  29.27 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  29.27 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2674  two component LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6695  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.63 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7415  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.3 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2525  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.92 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  35.59 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.88 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7009  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.17 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0896567  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  50.82 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01100  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  29.84 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  45.12 
 
 		 90 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.21 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.47 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  34.38 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  29.63 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.93 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20460  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.08 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0212792  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.93 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>