More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0644 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  68.78 
 
 		 221 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  67.87 
 
 		 221 aa  316  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  68.35 
 
 		 222 aa  314  6e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  67.42 
 
 		 221 aa  314  9e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  67.42 
 
 		 221 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  67.87 
 
 		 221 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 255 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  66.52 
 
 		 221 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  66.52 
 
 		 249 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  66.36 
 
 		 222 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  65.61 
 
 		 221 aa  292  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  66.51 
 
 		 209 aa  292  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  62.9 
 
 		 221 aa  288  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  62.44 
 
 		 221 aa  287  7e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 220 aa  285  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 224 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  34.13 
 
 		 222 aa  85.5  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  35.09 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  37.59 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  35.61 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  34.09 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  32.48 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  32.76 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1531  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.72 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  32.76 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  34.06 
 
 		 335 aa  71.6  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1558  response regulator receiver  34.88 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.23 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  33.62 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  33.62 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2674  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.97 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  32.31 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  30.53 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.11 
 
 		 220 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  28.05 
 
 		 214 aa  67  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 216 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.62 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.82 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  29.91 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  52.46 
 
 		 92 aa  65.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3200  LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.08 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2822  response regulator receiver protein  30.41 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  30.17 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  51.72 
 
 		 91 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5262  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.88 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.68 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.657091 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  53.45 
 
 		 92 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  29.23 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  32.31 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.34 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.28 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  33.05 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.92 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  30.71 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  31.9 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.06 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.06 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.52 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0782  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3672  transcriptional regulator, LuxR family  55.17 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1796  response regulator receiver  33.06 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  32.56 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>