More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0757 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 206 aa  204  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  37.06 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0699  response regulator receiver protein  34.85 
 
 		 200 aa  85.9  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 216 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 335 aa  71.6  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 220 aa  71.2  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  24.66 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8900  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.82 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.967084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.32 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502704  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  36.45 
 
 		 921 aa  65.1  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 221 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26840  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.37 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.274056  normal  0.228776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 221 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.56 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  26.24 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03364  hypothetical protein  35.71 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  32.35 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  27.03 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  29.84 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  26.96 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.23 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.28 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5265  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.24 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  26.61 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6044  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.43 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1740  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.35 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  27.66 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  29.58 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 238 aa  62  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  26.95 
 
 		 221 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.86 
 
 		 236 aa  62  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  29.79 
 
 		 249 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 216 aa  62  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  25.55 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  32.41 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0728  two component LuxR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3185  two component LuxR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.704721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.36 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  26.36 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.39 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  30.25 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0541  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.46 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.318618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  29.84 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.25 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0905  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  29.27 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0826046  hitchhiker  0.00000533581 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0676  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.09 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.09 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  30.25 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  32.69 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.36 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3727  two component LuxR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  27.93 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.54 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  24.82 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.46 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.95 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.64 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5619  response regulator receiver protein  25 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0556461  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3999  transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.91 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4439  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.83 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  21.79 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4857  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.91 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.243741 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 454 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  27.93 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>