More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0864 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  530  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  95.96 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  95.96 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  88.79 
 
 		 221 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  86.9 
 
 		 249 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  89.24 
 
 		 221 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  88.79 
 
 		 221 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  89.1 
 
 		 209 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  82.88 
 
 		 222 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  80.63 
 
 		 222 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  80.72 
 
 		 221 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  78.48 
 
 		 221 aa  362  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  78.92 
 
 		 221 aa  362  3e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  72.07 
 
 		 220 aa  334  9e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 221 aa  334  9e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 221 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  61.99 
 
 		 224 aa  292  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  34.97 
 
 		 159 aa  85.5  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  36.69 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  27.78 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 220 aa  72  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  33.33 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  34.48 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  33.33 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  31.62 
 
 		 219 aa  68.2  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.18 
 
 		 214 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  32.26 
 
 		 210 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 249 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.41 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  30.7 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  28.72 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 92 aa  65.9  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  35.77 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  46.48 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1531  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  45.21 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.81 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.66 
 
 		 221 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.43 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 92 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  46.48 
 
 		 90 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  46.48 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.97 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2130  DNA-binding response regulator, LuxR family  23.91 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  45.07 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  50 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  50 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  24.32 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3672  transcriptional regulator, LuxR family  55.36 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025253 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  33.62 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.19 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  30.77 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 216 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  22.73 
 
 		 214 aa  62  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2557  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.5 
 
 		 224 aa  62  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.231398  normal  0.0978001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  26.32 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4714  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.72 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.375128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 214 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  27.08 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3200  LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.97 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.353555  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.97 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0280  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.85 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1314  transcriptional regulator, LuxR family  31.5 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.06 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4183  two component LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  29.17 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>