More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0905 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0905  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  100 
 
 		 206 aa  416  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0826046  hitchhiker  0.00000533581 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  76.21 
 
 		 206 aa  322  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 216 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.8 
 
 		 214 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003136  transcriptional regulator LuxR family protein  45.63 
 
 		 212 aa  184  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12843  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.31 
 
 		 223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  47.32 
 
 		 213 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  47.32 
 
 		 213 aa  176  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  43.07 
 
 		 217 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  169  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 220 aa  168  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  45.37 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 220 aa  167  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 214 aa  167  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  43.28 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.17 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.69 
 
 		 214 aa  165  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 213 aa  164  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 215 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  162  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 215 aa  160  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.32 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1121  two component LuxR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.864132  normal  0.872256 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0083  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 218 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 218 aa  154  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 215 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  38.5 
 
 		 220 aa  151  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3992  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.58 
 
 		 214 aa  151  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 215 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 214 aa  148  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 215 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 206 aa  148  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  39.05 
 
 		 216 aa  147  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 216 aa  147  9e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.86 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 213 aa  146  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1266  two-component response regulator  37.32 
 
 		 227 aa  145  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.847879  normal  0.913346 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 215 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 215 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 215 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 219 aa  144  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.89 
 
 		 211 aa  143  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2735  response regulator receiver  36.79 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0572845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 223 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.86 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  38.16 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 224 aa  141  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 213 aa  141  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 210 aa  141  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 210 aa  141  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 219 aa  141  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 217 aa  141  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 214 aa  141  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  141  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 219 aa  141  8e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 215 aa  141  8e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  141  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 211 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.32 
 
 		 210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 213 aa  139  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>