More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0876 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  71.36 
 
 		 220 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  52 
 
 		 213 aa  217  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  52 
 
 		 213 aa  217  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 215 aa  211  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 215 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.19 
 
 		 214 aa  198  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.29 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 213 aa  194  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003136  transcriptional regulator LuxR family protein  47.39 
 
 		 212 aa  188  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12843  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  46.31 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 216 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  46.15 
 
 		 217 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0905  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  44.33 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0826046  hitchhiker  0.00000533581 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 215 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 213 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 215 aa  170  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 214 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 214 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.18 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 213 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.58 
 
 		 211 aa  166  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 215 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  38.53 
 
 		 220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 217 aa  164  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 219 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 214 aa  161  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  43.6 
 
 		 216 aa  159  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 214 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  39.23 
 
 		 215 aa  158  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  40.72 
 
 		 221 aa  158  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.02 
 
 		 211 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2782  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.834695  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3992  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.5 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  41.98 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 218 aa  154  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0083  two component LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 221 aa  152  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 207 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 212 aa  152  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 216 aa  152  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 212 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 217 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 215 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 218 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 218 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.83 
 
 		 207 aa  151  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2713  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 208 aa  151  8e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.48 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 222 aa  149  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.61 
 
 		 213 aa  148  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 216 aa  148  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 219 aa  148  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2312  two-component response regulator transcription regulator protein  37.09 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.500036 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2548  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.09 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.32 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.87 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2685  two component LuxR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41040  Two-component response regulator, LuxR family  45 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.136918  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.9 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5375  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.35 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.2 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 214 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0074  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 207 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 217 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  40.09 
 
 		 218 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>