More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1563 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1667  two component LuxR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 219 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.869411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3615  two component LuxR family transcriptional regulator  63.47 
 
 		 219 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378192  normal  0.274637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2126  LuxR family DNA-binding response regulator  63.47 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118459  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.118638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3957  two component LuxR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 219 aa  264  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3526  DNA-binding response regulator, LuxR family  60.91 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0134281  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3299  LuxR response regulator receiver  58.18 
 
 		 220 aa  240  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0158345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 219 aa  197  7.999999999999999e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  40.55 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 213 aa  181  9.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 217 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  46.41 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 215 aa  169  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.38 
 
 		 215 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2343  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.999882  normal  0.0841394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 212 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 216 aa  160  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 215 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.79 
 
 		 216 aa  159  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 215 aa  158  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 214 aa  156  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.85 
 
 		 216 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 217 aa  154  9e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0682  LuxR family DNA-binding response regulator  40.67 
 
 		 215 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.874366  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.01 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2312  two-component response regulator transcription regulator protein  38.43 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.500036 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 219 aa  151  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 213 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.52 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 216 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1233  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.07 
 
 		 220 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.792953 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.21 
 
 		 217 aa  149  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  36.11 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1971  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.14 
 
 		 216 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  38.97 
 
 		 218 aa  148  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 232 aa  148  7e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.86 
 
 		 218 aa  147  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  36.57 
 
 		 216 aa  147  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 214 aa  147  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.29 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  37.14 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.44 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 223 aa  145  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 216 aa  145  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 217 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  35.27 
 
 		 214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 264 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 206 aa  145  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.75 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  36.14 
 
 		 213 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.09 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  36.14 
 
 		 213 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  36.92 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003136  transcriptional regulator LuxR family protein  35.12 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  36.67 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.45 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  39.13 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  38.97 
 
 		 217 aa  142  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.42 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.67 
 
 		 212 aa  142  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2253  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 216 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.174263  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 215 aa  142  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2713  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 208 aa  142  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  34.26 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  34.26 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  34.3 
 
 		 214 aa  141  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3992  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 214 aa  141  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  36.79 
 
 		 218 aa  141  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  35.81 
 
 		 217 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  34.84 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 217 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 253 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0432  LuxR family DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00543066  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  35.92 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.6 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 210 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>